Travailler avec des documents structurés

Ouvrir les documents

Tu peux ouvrir des fichiers Chemistry depuis le Finder, depuis File > Open..., tiré de Open Recent, tiré de Fichiers de molécules locaux, ou depuis le Référentiel géré navigateur. AtomLens ouvre les formats de molécules courants, les formats de réactions, les entrées chimiques en texte brut et les notations modernes telles que CXSMILES lorsqu'elles sont intégrées dans une saisie de texte prise en charge.

• Utilise une fenêtre de document quand tu sais déjà quel fichier ou quel texte tu veux consulter.
• Utilise l'option « Parcourir les fichiers locaux... » sur macOS quand tu veux d'abord découvrir des fichiers locaux au choix. Sur iPad, « Bibliothèque » te ramène à la même recherche et aux mêmes filtres ; « Ouvrir les documents » rétablit tes onglets.
• Les documents de réaction peuvent être consultés sous forme de réactions complètes, exportés sous forme de fichiers de réaction ou enregistrés participant par participant lorsque tu as besoin de structures individuelles.

Importation et rendu

Choisis « Modifier la source de la structure » ou « Modifier la source de la réaction » dans la barre d'outils. L'éditeur principal accepte le texte chimique pris en charge et met les modifications en attente jusqu'à ce que tu cliques sur « Appliquer et afficher ». Si tu cliques sur « Annuler », le document reste inchangé.

• Saisis un nom IUPAC… pour convertir un nom pris en charge en source de structure dans l'éditeur. Applique le résultat pour mettre à jour le document.
• Utilisez l’éditeur de source pour vérifier ou remplacer SMILES, InChI, MOL/SDF ou le texte de réaction.
• Les options « Dessiner une structure » ou « Dessiner une réaction » ouvrent un éditeur de dessin séparé. Applique les modifications qui y sont apportées pour mettre à jour le document actuel.
• Pour un nouveau dessin, Fichier > Nouveau ouvre l'éditeur de schémas chimiques. Voir le processus de dessin.

Rechercher avec la molécule actuelle ( macOS )

Utilisez la fonction « Rechercher » dans la barre d'outils d'une fenêtre de molécule pour effectuer une recherche dans le référentiel géré à l'aide de la structure affichée.

• La fonction « Trouver des structures similaires… » te demande un score de similarité de Tanimoto compris entre 0 et 1, puis affiche les résultats classés par ordre de pertinence.
• La fonction « Rechercher des correspondances de sous-structures » permet de trouver les molécules du référentiel qui contiennent la structure affichée.
• Pour un fichier contenant plusieurs molécules, la requête ne porte que sur la molécule actuellement affichée. Les modifications apportées sont prises en compte ; il n'est pas nécessaire d'enregistrer ou d'importer la requête dans le référentiel.
• Les résultats s'ouvrent dans une fenêtre séparée. Le document source et toute recherche en cours dans le navigateur restent accessibles. La recherche est désactivée pour un document vide ou une réaction.

Outils de mise en page et de style

La zone centrale est interactive. Tu peux zoomer, faire pivoter, réinitialiser et prendre une capture d'écran sans quitter la fenêtre du document.

• Les curseurs de zoom et de rotation modifient immédiatement l'affichage.
• La fonction « Instantané » permet de capturer la vue actuelle sous forme d'image de la zone de dessin.
• Utilisez l'épingle à côté de « Réinitialiser » pour garder le HUD de la molécule ou de la réaction à l'écran. Une épingle pleine signifie « Épinglé » ; une épingle barrée signifie « Désépinglé ». Chaque nouvelle toile commence par être « désépinglée », et le fait de désépingler rétablit l'effacement habituel après une période d'inactivité.
• La barre d'outils propose des commandes de style de représentation, comme les couleurs des éléments, celles des liaisons, les cercles aromatiques, le style de mise en évidence et d'autres options de dessin associées.
• Les documents « Réaction » utilisent le même modèle d'interaction pour la section de dessin, avec des commandes supplémentaires adaptées aux réactions lorsque des informations sur la carte atomique sont disponibles.

Vues de molécules en 2D et en 3D

La toile moléculaire propose un sélecteur 2D/3D. Les réactions dans leur ensemble restent en 2D. Une vue en 3D est une visualisation, pas la preuve d'une conformation mesurée expérimentalement ou optimisée en termes d'énergie.

• Ball utilise des boules et des bâtons, Stick met l'accent sur les liaisons, et CPK utilise des sphères qui remplissent l'espace.
• Utilisez la palette pour choisir les couleurs des atomes. La représentation CPK et la palette de couleurs CPK sont deux options distinctes. Voir palettes disponibles et crédits.
• Fais glisser avec la souris ou clique et fais glisser sur le pavé tactile pour faire pivoter le modèle 3D. Fais défiler avec deux doigts pour le déplacer sur le canevas, pince pour zoomer et tourne deux doigts pour faire défiler horizontalement. La molette de la souris permet également de zoomer. Le défilement sur le pavé tactile suit tes préférences de défilement macOS ; en 2D, le glissement déplace le dessin.
• La fonction « Instantané » enregistre la vue 3D actuelle au format PNG. Les options « Fichier > Partager » et « Exporter au format SVG » utilisent la représentation 2D, y compris les formats de partage PNG et PDF.
• Sur iPad, faites glisser un doigt pour faire pivoter le modèle 3D et deux doigts pour le déplacer sur le canevas. Pincez pour zoomer et tournez deux doigts pour faire défiler. La rotation automatique s'interrompt pendant les gestes et reprend dès qu'ils sont terminés, sur les deux plateformes. Désactivez-la pour conserver une orientation fixe. Les curseurs X, Y et Z, le bouton « Réinitialiser » et « Instantané » restent affichés dans le HUD.

Barre latérale « Aperçu »

La barre latérale « Aperçu » résume ce que AtomLens sait sur la structure actuelle ou sur l'acteur de réaction sélectionné. Parmi les informations habituelles, on trouve la formule, la masse moléculaire, la masse monoisotopique, le nombre de cycles, le respect de la « règle des cinq » et des identifiants générés comme SMILES ou InChI.

• Les boutons « Copier » situés à côté des identifiants te permettent de transférer rapidement des valeurs exactes vers d'autres outils.
• Quand tu travailles sur une réaction, la vue d'ensemble suit le participant sélectionné au lieu de rester figée sur la réaction dans son ensemble.
• Masque la barre latérale « Aperçu » quand tu veux un espace de travail plus grand. Une zone distincte reste disponible pour les réactions. Les valeurs marquées comme « Indisponibles » n'ont pas pu être calculées ; elles ne sont pas égales à zéro.

Exporter et partager

Utilisation File > Export... quand tu veux transcrire la molécule ou la réaction actuelle dans un autre format chimique. Utilise File > Share lorsque tu veux envoyer la molécule actuelle ou la représentation complète de la réaction au format SVG, PNG ou PDF via les destinations de partage standard macOS.

• Parmi les options d'exportation de molécules les plus courantes, on trouve : .svg des représentations ainsi que des formats de chimie tels que .sdf, .smi, .inchi, .mol2, .cml, et .rgf quand on peut enregistrer les données du groupe R.
• ChemDraw CDX et ChemDraw CDXML permettent d'exporter des molécules et des réactions en 2D modifiables. Les structures chimiques non prises en charge génèrent une erreur. Ces deux formats peuvent également être ouverts ou importés dans le référentiel géré. Les structures chimiques non prises en charge génèrent une erreur ; le dessin d'origine est conservé lors de l'importation dans le référentiel.
• Les documents de réaction peuvent être exportés au format .rxn, .rdf, .rsmi, .rinchi, ou qui réagit .cml.
• Save to Managed Repository... crée une entrée de référentiel gérée au lieu d'une exportation standard.
• Le flux d'enregistrement dans le référentiel est volontairement plus restreint que celui de l'exportation : il n'accepte que les formats de fichiers chimiques que AtomLens peut rouvrir directement dans une fenêtre de molécule ou de réaction.

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