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Glossaire

Petites explications sur les termes de chimie, les identifiants, les propriétés calculées, les concepts de réaction et les formats de fichiers présentés dans AtomLens.

Sur cette page

Noms et identifiants
Propriétés de la structure
Termes de réaction
Formats et notation

Noms et identifiants

Nom IUPAC: Un nom chimique systématique qui décrit une structure selon les règles de nommage. AtomLens convertit les noms IUPAC pris en charge en données de structure.
SMILES: Une ligne de texte concise qui décrit les atomes, les liaisons, les ramifications, les cycles, les charges et, parfois, la stéréochimie d'une molécule.
ISO SMILES: L'étiquette « AtomLens » correspond à l'isomère SMILES ; elle conserve les informations sur la stéréochimie et les isotopes quand celles-ci sont disponibles.
CXSMILES: Une notation SMILES étendue qui peut contenir des annotations supplémentaires telles que des coordonnées, des étiquettes d'atomes, des mises en évidence, des caractéristiques de Markush et des informations de requête.
InChI: L'identifiant chimique international de l'IUPAC, un identifiant standard sous forme de texte pour une structure chimique.
InChIKey: Un hachage de longueur fixe dérivé d'un InChI. Il est plus facile à rechercher et à comparer que le InChI complet, mais il ne constitue pas une description complète de la structure.
RInChI: La réaction InChI, un identifiant standard qui décrit une réaction chimique en combinant les identifiants InChI de ses participants.
RInChIKey: Un identifiant de hachage dérivé de RInChI. AtomLens affiche les variantes longue, courte et web quand il peut les générer.
Long RInChIKey: La variante de RInChIKey la plus riche en informations. Elle est plus longue, mais présente le risque de collision le plus faible parmi les formes de RInChIKey affichées.
RInChIKey court: Une variante plus courte de RInChIKey que AtomLens utilise aussi pour nommer les fichiers de réactions extraits.
Web RInChIKey: La variante la plus courte de RInChIKey, conçue pour faciliter la recherche et la création de liens sur le Web plutôt que comme identifiant unique le plus fiable.
Statut RInChI: Résultat de la génération d'un identifiant de réaction. Si le résultat est « succès », l'identifiant a été généré. Si le résultat est « avertissement » ou « erreur », AtomLens a reçu des messages de diagnostic.
Messages RInChI: Texte de diagnostic généré par le générateur RInChI expliquant les avertissements ou les erreurs.
Formule moléculaire: Le nombre d'éléments qui composent une molécule, comme C2H6O pour l'éthanol.

Propriétés de la structure

Atom: Un élément central de la structure, comme le carbone, l'oxygène, l'azote ou le chlore.
Obligation: Une liaison entre des atomes. L'ordre de liaison indique s'il s'agit d'une liaison simple, double, triple, aromatique ou d'un autre type pris en charge.
Atome lourd: Un atome autre que l'hydrogène. Le nombre d'atomes lourds sert souvent à évaluer rapidement la taille d'une structure.
Poids moléculaire: La masse calculée d'une molécule, exprimée en daltons (Da).
Masse molaire: La masse d'une mole de cette substance, exprimée en grammes par mole (g/mol).
Masse monoisotopique: La masse calculée à partir de l'isotope le plus courant de chaque élément, utile pour les travaux de spectrométrie de masse.
Dalton (Da): Une unité utilisée pour mesurer la masse à l'échelle moléculaire. Un dalton correspond à peu près à la masse d'un proton ou d'un neutron.
Donneur de liaison hydrogène: Un groupe capable de former une liaison hydrogène, ce qui implique généralement des atomes d'hydrogène liés à de l'oxygène ou à de l'azote.
Accepteur de liaison hydrogène: Un atome ou un groupe capable de former une liaison hydrogène, impliquant généralement des paires d'électrons isolées de l'oxygène, de l'azote ou du soufre.
TPSA: Surface polaire topologique. Elle permet d'estimer la surface polaire exposée à partir de la structure en 2D et sert souvent à évaluer la perméabilité.
Volume de van der Waals: Volume approximatif occupé par les atomes d'une molécule, calculé à partir de leurs rayons de van der Waals.
Obligation convertible: Une liaison qui peut généralement pivoter librement. Plus le nombre est élevé, plus la molécule est souvent souple.
Nombre d'anneaux: Le nombre de systèmes cycliques détectés dans la molécule.
La règle des cinq: Le guide rapide de Lipinski sur les petites molécules de type médicamenteux, basé sur le poids moléculaire, les liaisons hydrogène et d'autres propriétés associées.
Aromaticité: Un schéma de liaisons courant dans les cycles de type benzène. AtomLens permet de représenter des systèmes aromatiques à l'aide de lignes intérieures ou de cercles aromatiques.
Stéréochimie: Des infos sur la configuration tridimensionnelle, comme les liaisons en coin, la géométrie des doubles liaisons ou les centres chiraux.
Isotope: Un atome d'un même élément ayant un nombre de masse différent. Les isotopes peuvent être conservés dans des identifiants et des isomères SMILES.
Frais: Une charge formelle positive ou négative attribuée à un atome ou à un groupe.
Valence: Le nombre ou la configuration attendue des liaisons autour d'un atome. Une valence inhabituelle peut indiquer un cas particulier ou une structure déformée.
Atome de requête: Un espace réservé « atome » utilisé dans les formats de recherche ou de requête. Il peut représenter une catégorie d'atomes possibles plutôt qu'un élément précis.
Caution de garantie: Un espace réservé pour un titre utilisé dans les formats de recherche ou de requête. Il peut désigner plusieurs types de titres possibles.
À noter: Annotation visuelle qui permet de marquer des atomes, des liaisons ou des zones d'intérêt sans modifier la composition chimique sous-jacente.

Termes de réaction

Réaction: Une transformation chimique avec des substances de départ et des substances de produit, parfois accompagnée d'agents ou de conditions.
Réactif: Une substance de départ qui est consommée ou transformée par la réaction.
Agent: Un réactif, un catalyseur, un solvant ou une condition intervenant dans la réaction, mais qui n'est pas considéré comme un réactif principal ou un produit principal.
Produit: Une substance issue de la réaction.
Participant à la réaction: Tout réactif, catalyseur ou produit figurant dans la réaction.
Stœchiométrie: La quantité relative ou le coefficient d'un réactif dans une réaction.
Direction: La signification de la flèche de réaction : aller, retour, bidirectionnelle, impossible, rétrosynthétique, de résonance ou non orientée.
Suivant: Sens de réaction dans lequel les réactifs se transforment en produits dans le sens indiqué, de gauche à droite.
En arrière: Une direction de réaction où la flèche indiquée va des produits vers les réactifs.
Bidirectionnel: Une direction de réaction qui montre que les transformations en sens direct et en sens inverse sont toutes les deux pertinentes.
Pas question: Une direction de réaction qui indique que la transformation n'est pas prévue ou qu'elle ne s'est pas produite.
Rétrosynthétique: Une approche de planification qui part du produit final pour remonter jusqu'aux matières premières possibles.
Résonance: Il s'agit d'une relation entre différentes représentations d'une même structure électronique, plutôt que d'une conversion chimique classique.
Non orienté: Un historique de réactions sans sens de réaction précis.
Numéro de la carte atomique: Un nombre qui relie les atomes correspondants entre les réactifs et les produits, ce qui permet de suivre les changements tout au long d'une réaction.
Réaction SMILES: Un format de texte basé sur SMILES pour les réactions, qui sépare généralement les réactifs, les agents et les produits à l'aide de délimiteurs en forme de flèche.

Formats et notation

CML: Chemical Markup Language, un format XML dédié aux molécules et aux réactions.
MDL Molfile: Un format de fichier de structure courant pour une molécule, qui utilise généralement le .mol extension.
MDL SDFile: Un format de structure à plusieurs enregistrements, qui utilise généralement .sdf ou .sd, qui peut stocker des molécules ainsi que des champs de données nommés.
Attribut SDF: Un champ de données nommé enregistré avec un enregistrement SDF, comme un identifiant de fournisseur, une valeur d'activité ou une annotation.
V2000: L'ancienne syntaxe MDL Molfile/RXN, largement prise en charge.
V3000: Une nouvelle syntaxe MDL Molfile/RXN qui permet de représenter des structures plus grandes et plus complexes.
Chargement de doses multiples: Un format de fichier de réaction MDL, qui utilise généralement le .rxn extension.
MDL RDF: Un format de fichier de données de réaction MDL pouvant contenir des enregistrements de réaction ainsi que les données associées.
Tripos MOL2: Un format de structure de texte souvent utilisé pour la modélisation moléculaire et les informations sur les types d'atomes.
PDB: Format de la Protein Data Bank, couramment utilisé pour les structures 3D des macromolécules.
XYZ: Un format de coordonnées simple qui répertorie les atomes et leurs positions en 3D.
CSV: Valeurs séparées par des virgules. AtomLens utilise le format CSV pour les tables d'attributs SDF extraites.
SVG: Scalable Vector Graphics. AtomLens permet d'exporter ou de partager des schémas techniques sous forme d'illustrations indépendantes de la résolution.
PNG: Un format d'image matricielle pratique pour les captures d'écran et le partage dans les applis qui prennent en charge les images.
PDF: Un format de document par page, pratique pour l'impression, la relecture et le partage tout en conservant les éléments vectoriels.
structure de Markush: Une structure générique comportant des groupes variables, souvent utilisée pour décrire une famille de composés apparentés.
Groupe R: Un substituant variable dans une structure de Markush ou une structure de requête.
Échafaudage: Le noyau commun principal d'une structure ou d'une famille de structures.
Unité à répéter: Une unité structurelle qui se répète dans un polymère ou une séquence répétitive.
Nœud de lien: Une fonctionnalité de notation qui représente une liaison répétée via un lien dans certaines structures de type « query » ou « polymère ».

AtomLens 3.1 · Guide du site mis à jour le 18/10/2026.