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Glossar

Kurze Erklärungen zu den in AtomLens aufgeführten chemischen Begriffen, Bezeichnern, berechneten Eigenschaften, Reaktionskonzepten und Dateiformaten.

Auf dieser Seite

Namen und Bezeichner
Struktureigenschaften
Reaktionsgleichungen
Formate und Notation

Namen und Bezeichner

IUPAC-Bezeichnung: Eine systematische chemische Bezeichnung, die eine Struktur gemäß den Namensgebungsregeln beschreibt. AtomLens wandelt unterstützte IUPAC-Bezeichnungen in Struktureingaben um.
SMILES: Eine kompakte Textzeile, die Atome, Bindungen, Verzweigungen, Ringe, Ladungen und manchmal auch die Stereochemie eines Moleküls kodiert.
ISO SMILES: Die Bezeichnung „AtomLens“ steht für das Isomer „SMILES“, wobei die Stereochemie und die Isotopeninformationen beibehalten werden, sofern diese Informationen vorliegen.
CXSMILES: Eine erweiterte SMILES-Notation, die zusätzliche Anmerkungen wie Koordinaten, Atombeschriftungen, Hervorhebungen, Markush-Merkmale und Abfrageinformationen enthalten kann.
InChI: Der IUPAC International Chemical Identifier, ein standardisierter textbasierter Bezeichner für eine chemische Struktur.
InChIKey: Ein Hash mit fester Länge, der aus einem InChI abgeleitet wurde. Er lässt sich leichter durchsuchen und vergleichen als das vollständige InChI, stellt jedoch keine vollständige Strukturbeschreibung dar.
RInChI: Die Reaktion InChI ist eine Standardkennung, die eine chemische Reaktion beschreibt, indem sie die Kennungen InChI ihrer Reaktionspartner kombiniert.
RInChIKey: Ein aus einem RInChI abgeleiteter Hash-Bezeichner. AtomLens zeigt lange, kurze und Web-Varianten an, sofern diese generiert werden können.
Long RInChIKey: Die RInChIKey-Variante mit den meisten Informationen. Sie ist zwar länger, weist aber unter den angezeigten RInChIKey-Formen das geringste praktische Kollisionsrisiko auf.
Kurz-RInChIKey: Eine kürzere Variante von „RInChIKey“, die auch AtomLens bei der Benennung extrahierter Reaktionsdateien verwendet.
Web RInChIKey: Die kürzeste RInChIKey-Variante, die eher für die kompakte Websuche und Verlinkung gedacht ist als als stärkster eindeutiger Bezeichner.
RInChI-Status: Das Ergebnis der Generierung einer Reaktionskennung. „Erfolg“ bedeutet, dass die Kennung erstellt wurde; „Warnung“ oder „Fehler“ bedeutet, dass AtomLens Diagnosemeldungen erhalten hat.
RInChI-Nachrichten: Diagnosetext aus dem RInChI-Generator, der Warnungen oder Fehler erklärt.
Molekülformel: Die Anzahl der Elemente in einem Molekül, zum Beispiel C2H6O für Ethanol.

Struktureigenschaften

Atom: Ein einzelnes Zentralelement in der Struktur, wie zum Beispiel Kohlenstoff, Sauerstoff, Stickstoff oder Chlor.
Anleihe: Eine Verbindung zwischen Atomen. Die Bindungsordnung gibt an, ob es sich um eine Einfach-, Doppel-, Dreifach-, aromatische oder eine andere unterstützte Bindung handelt.
Schweratom: Ein Atom, das kein Wasserstoffatom ist. Die Anzahl der schweren Atome dient oft als schneller Anhaltspunkt für die Größe der Struktur.
Molekulargewicht: Die berechnete Masse eines Moleküls, angegeben in Dalton (Da).
Molmasse: Die Masse von einem Mol des Stoffes, angegeben in Gramm pro Mol (g/mol).
Monoisotopische Masse: Die aus dem häufigsten Isotop jedes Elements berechnete Masse, nützlich für Arbeiten in der Massenspektrometrie.
Dalton (Da): Eine Einheit für die Masse auf molekularer Ebene. Ein Dalton entspricht in etwa der Masse eines Protons oder Neutrons.
H-Bindungs-Donor: Eine Gruppe, die eine Wasserstoffbrücke bilden kann; dabei handelt es sich meist um Wasserstoffatome, die an Sauerstoff oder Stickstoff gebunden sind.
H-Bindungsakzeptor: Ein Atom oder eine Gruppe, die eine Wasserstoffbrücke eingehen kann, wobei meist freie Elektronenpaare von Sauerstoff, Stickstoff oder Schwefel beteiligt sind.
TPSA: Topologische Polfläche. Sie schätzt die freiliegende Polfläche anhand der 2D-Struktur und wird oft herangezogen, um Rückschlüsse auf die Permeabilität zu ziehen.
Van-der-Waals-Volumen: Ein ungefähres Volumen, das die Atome in einem Molekül einnehmen, basierend auf ihren van-der-Waals-Radien.
Drehbare Anleihe: Eine Bindung, die sich normalerweise frei drehen kann. Höhere Werte deuten oft auf ein flexibleres Molekül hin.
Anzahl der Ringe: Die Anzahl der im Molekül nachgewiesenen Ringsysteme.
Die Fünf-Punkte-Regel: Lipinskis Kurzanleitung für arzneimittelähnliche kleine Moleküle, basierend auf Molekulargewicht, Wasserstoffbrückenbindungen und damit verbundenen Eigenschaften.
Aromatizität: Ein bei benzolähnlichen Ringen häufig vorkommendes Bindungsmuster. Mit AtomLens lassen sich aromatische Systeme mit inneren Linien oder aromatischen Kreisen darstellen.
Stereochemie: Informationen zur dreidimensionalen Anordnung, wie zum Beispiel Keilbindungen, Doppelbindungsgeometrie oder chirale Zentren.
Isotop: Ein Atom desselben Elements mit einer anderen Massenzahl. Isotope können in Bezeichnern und Isomeren SMILES erfasst werden.
Gebühr: Eine positive oder negative formale Ladung, die einem Atom oder einer Gruppe zugewiesen wird.
Valenz: Die erwartete Anzahl oder Anordnung von Bindungen um ein Atom herum. Eine ungewöhnliche Valenz kann auf einen echten Sonderfall oder eine fehlerhafte Struktur hindeuten.
Abfrageatom: Ein Platzhalter für Atome, der in Such- oder Abfrageformaten verwendet wird. Er kann eine Klasse möglicher Atome anstelle eines bestimmten Elements darstellen.
Anleihe abfragen: Ein Platzhalter für Anleihen, der in Such- oder Abfrageformaten verwendet wird. Er kann verschiedene mögliche Anleihearten darstellen.
Hervorheben: Visuelle Markierung, die Atome, Bindungen oder relevante Bereiche kennzeichnet, ohne die zugrunde liegende Chemie zu verändern.

Reaktionsgleichungen

Reaktion: Ein chemischer Umwandlungsprozess mit Ausgangsstoffen und Endprodukten, manchmal unter Einwirkung von Reagenzien oder unter bestimmten Bedingungen.
Reaktant: Ein Ausgangsstoff, der bei der Reaktion verbraucht oder umgewandelt wird.
Agent: Ein Reagenz, Katalysator, Lösungsmittel oder eine Bedingung, die an der Reaktion beteiligt ist, aber nicht als Hauptreaktant oder Hauptprodukt betrachtet wird.
Produkt: Eine Substanz, die bei der Reaktion entsteht.
Teilnehmer an der Umfrage: Jeder Reaktant, jedes Reaktionsmittel oder jedes Produkt, das als Teil der Reaktion dargestellt wird.
Stöchiometrie: Die relative Menge oder der Koeffizient eines Reaktionspartners.
Richtung: Die Bedeutung des Reaktionspfeils, z. B. vorwärts, rückwärts, bidirektional, unzulässig, retrosynthetisch, Resonanz oder ungerichtet.
Weiter: Eine Reaktionsrichtung, bei der die Reaktanten in der dargestellten Richtung von links nach rechts in Produkte umgewandelt werden.
Zurück: Eine Reaktionsrichtung, in die der angezeigte Pfeil zeigt – von den Produkten zurück zu den Reaktanten.
Bidirektional: Eine Reaktionsrichtung, die angibt, dass sowohl Vorwärts- als auch Rückwärtsumwandlungen relevant sind.
Geht nicht: Eine Reaktionsrichtung, die angibt, dass die Umwandlung nicht erwartet wird oder nicht stattgefunden hat.
Retrosynthetisch: Ein Planungsansatz, bei dem man vom Zielprodukt ausgehend rückwärts zu möglichen Ausgangsstoffen vorgeht.
Resonanz: Eine Beziehung zwischen alternativen Darstellungen derselben elektronischen Struktur, und nicht etwa eine normale chemische Umwandlung.
Ungerichtet: Ein Reaktionsverlauf ohne bestimmte Reaktionsrichtung.
Atom-Map-Nummer: Eine Zahl, die entsprechende Atome in Reaktanten und Produkten miteinander verknüpft, sodass sich die Veränderungen im Verlauf einer Reaktion verfolgen lassen.
Reaktion SMILES: Ein auf SMILES basierendes Textformat für chemische Reaktionen, bei dem Reaktanten, Reaktionsmittel und Produkte üblicherweise durch pfeilartige Trennzeichen voneinander getrennt werden.

Formate und Notation

CML: Chemical Markup Language, ein XML-Format für Moleküle und Reaktionen.
MDL Molfile: Ein gängiges Dateiformat für die Struktur eines Moleküls, bei dem in der Regel das .mol Erweiterung.
MDL SDFile: Ein Format für Strukturen mit mehreren Datensätzen, bei dem üblicherweise .sdf oder .sd, die Moleküle sowie benannte Datenfelder speichern können.
SDF-Attribut: Ein benanntes Datenfeld, das zusammen mit einem SDF-Datensatz gespeichert wird, wie zum Beispiel eine Lieferanten-ID, ein Aktivitätswert oder eine Anmerkung.
V2000: Die ältere und weit verbreitete MDL-Molfile/RXN-Syntax.
V3000: Eine neuere MDL-Molfile/RXN-Syntax, mit der sich größere und komplexere Strukturen darstellen lassen.
Mehrfachdosierung: Ein MDL-Reaktionsdateiformat, das in der Regel das .rxn Erweiterung.
MDL RDF: Ein MDL-Dateiformat für Reaktionsdaten, das Reaktionsdatensätze sowie zugehörige Daten enthalten kann.
Tripos MOL2: Ein Textformat, das häufig für die Molekülmodellierung und zur Angabe von Atomtypen verwendet wird.
PDB: Das Format der Protein Data Bank, das häufig für makromolekulare 3D-Strukturen verwendet wird.
XYZ: Ein einfaches Koordinatenformat, das Atome und 3D-Positionen auflistet.
CSV: Durch Kommas getrennte Werte. AtomLens verwendet CSV für extrahierte SDF-Attributtabellen.
SVG: Scalable Vector Graphics. AtomLens kann Konstruktionszeichnungen als auflösungsunabhängige Grafiken exportieren oder freigeben.
PNG: Ein Rasterbildformat, das sich gut für Schnappschüsse und zum Teilen in Apps eignet, die Bilder erwarten.
PDF: Ein seitenbasiertes Dokumentformat, das sich gut zum Drucken, Überprüfen und zur Weitergabe mit Erhalt der Vektorgrafiken eignet.
Markush-Struktur: Eine generische Struktur mit variablen Gruppen, die oft verwendet wird, um eine Familie verwandter Verbindungen zu beschreiben.
R-Gruppe: Ein variabler Substituent in einer Markush- oder Abfragestruktur.
Gerüst: Der gemeinsame Kern einer Struktur oder einer Strukturfamilie.
Wiederholungseinheit: Eine Struktureinheit, die sich in einem Polymer wiederholt, oder eine Wiederholungsformel.
Link-Knoten: Eine Notationsfunktion, die wiederholte Verknüpfungen über einen Link in bestimmten Abfrage- oder polymerartigen Strukturen darstellt.

AtomLens 3.1 · Website-Leitfaden aktualisiert am 18.10.2026.