Einstellungen und Systemintegration

Einstellungsfenster

AtomLens gruppiert die Einstellungen in thematisch geordnete Bereiche:

• Arbeitsbereich: umfasst Open a browser when launching AtomLens und lässt dich wählen zwischen Lokale Molekül-Dateien oder Verwaltetes Repository als Standardbrowser.
• Verwaltetes Repository: umfasst Sync chemical files over iCloud. Wenn du die Funktion deaktivierst, bleibt das verwaltete Repository verfügbar und sein Inhalt wird lokal auf diesem Mac oder iPad gespeichert.
• Textgröße: Steuert eine Skalierung im Hilfe-Browser sowie praktische Optionen zur Textgröße in der Benutzeroberfläche, die auf allen AtomLens-Oberflächen verwendet werden.
• Berechtigungen: Enthält die Hilfsfunktion, mit der du einen reibungsloseren Sandbox-Zugriff auf den Home-Ordner gewähren kannst.
• MCP-Server: Konfiguriert den lokalen stdio- und HTTP-Zugriff für Automatisierungs-Clients.
• Über „Shortcuts“ und „Info“ erhältst du Hilfe, ohne die App verlassen zu müssen.

Diagnose exportieren

Öffne auf Mac und iPad „Einstellungen“ > „Über“ > „Diagnosedaten exportieren…“, wähle einen Speicherort aus und teile den gespeicherten JSON-Bericht, wenn du um Hilfe bittest. Gib dabei den ungefähren Zeitpunkt des Vorfalls, die App-Build-Nummer und deine aktuelle Tätigkeit an.

Der Bericht enthält aktuelle Speicher- und Aktivitätsmessungen, App-/Geräteinformationen sowie verfügbare Apple MetricKit-Berichte. Der lokale Verlauf hat eine feste Größenbeschränkung und wird bis zu sieben Tage lang aufbewahrt. Molekülinhalte und Dokumentpfade sind ausgeschlossen; es wird nichts automatisch gesendet. Bei einem erzwungenen Beenden wird möglicherweise kein abschließendes Ereignis aufgezeichnet.

Unter OS 27 beschreiben die verfügbaren Apple-Berichte außerdem Aktivitäten wie PDF-Scans, Indizierung, strukturelle Suche, 3D-Anzeige und Dokumentenautomatisierung. iPad-Berichte können Speichergrenzen-Abbrüche enthalten; 3D-Metriken können die Frame-Leistung umfassen. Die gemeldeten Aktivitäten liefern Kontext für die Untersuchung, geben aber für sich genommen keinen Aufschluss über die Ursache eines Absturzes oder der Ressourcennutzung.

Auf Mac bietet Workspace außerdem die 3D-Visualisierung „Start“ mit automatischer Drehung an. Auf iPad kannst du die Drehung direkt im Canvas-HUD steuern. Beide Plattformen bieten unter „Textgröße“ separate Einstellmöglichkeiten für die Größe der Benutzeroberfläche und der Hilfetexte.

Berechtigungen

In Sandbox-Umgebungen von macOS benötigt AtomLens möglicherweise Dateizugriffsberechtigungen, damit das erneute Öffnen, die Suche, die Schnellansicht und die Aktualisierung der Finder-Bezeichnungen reibungsloser funktionieren.

• Wenn sich eine Datei über die Suche oder „Zuletzt geöffnet“ nicht erneut öffnen lässt, öffne sie einmal über die Dateiauswahl und erteile den Zugriff, falls macOS dich dazu auffordert.
• Wenn sich die Finder-Bezeichnungen nicht anhand der lokalen Molekül-Dateien aktualisieren, gewähre Zugriff auf den entsprechenden Speicherort und versuche die Bezeichnungsaktion erneut.
• Die optionale Grant Access... helper dient dazu, wiederholte Reibung an häufig genutzten Stellen zu verringern.

Finder und Spotlight

AtomLens lässt sich in die Benutzeroberflächen des macOS-Systems integrieren, sodass Chemie-Dateien auch außerhalb des Hauptfensters der App weiterhin genutzt werden können.

• Auf einen Blick: Chemie-Vorschauen sind im Finder, in lokalen Molekül-Dateien und im verwalteten Repository verfügbar.
• Im Fokus: AtomLens schreibt durchsuchbare chemische Metadaten für die lokale Dateisuche.
• Finder-Bezeichnungen: „Lokale Molekül-Dateien“ und „Verwaltetes Repository“ lesen native Bezeichnungs- und Tag-Metadaten aus, filtern danach und können ausgewählte Änderungen an den Bezeichnungen wieder in die Dateien zurückschreiben.

Nützliche Terminal-Beispiele

mdfind 'de_losko_atomlens_is_molecule == 1'
mdfind 'de_losko_atomlens_is_reaction == 1'
mdfind 'de_losko_atomlens_inchi_key == "HVQAJTFOCKOKIN-UHFFFAOYSA-N"'

MCP-Service

AtomLens enthält einen integrierten MCP-Helper und einen lokalen MCP-Server-Einstellungsbereich für externe Clients wie Codex. Bei einer Standardinstallation von macOS befindet sich der Helper unter /Applications/AtomLens.app/Contents/Helpers/atomlens-mcp.

• Für stdio-MCP-Clients starte atomlens-mcp direkt.
• Für HTTP-JSON-RPC-Clients öffnest du „Einstellungen“, wählst „MCP-Server“ aus, wählst den Port aus, behältst das erforderliche Bearer-Token bei oder erstellst eines und startest dann den Server.
• Verwende „Erstellen“, um ein Bearer-Token zu generieren, und aktiviere „Beim Anmelden starten“, wenn der HTTP-Server nach der Anmeldung verfügbar bleiben soll, auch wenn AtomLens nicht geöffnet ist.
• Der in den Einstellungen verwaltete lokale HTTP-Endpunkt ist an 127.0.0.1 und ist standardmäßig auf http://127.0.0.1:8080/mcp. Setze den Helper nicht außerhalb einer vertrauenswürdigen Loopback-Verbindung ein.
• HTTP-Anfragen müssen das konfigurierte Bearer-Token enthalten. Der Helper lehnt Anfrageinhalte ab, die größer als 1 MiB sind, bevor er sie liest.
• Der „Launch-at-Login“-Helper liest die von der App erstellte MCP-Konfiguration aus dem Ordner „Application Support“ aus und beendet sich, ohne auf Verbindungen zu warten, falls in dieser Konfiguration ein Bearer-Token fehlt.
• Die Codex-Connector-Umschalter-Bearbeitungen ~/.codex/config.toml. AtomLens fragt möglicherweise vor der Installation nach Zugriff auf den Home-Ordner.
• Die aktuelle MCP-Oberfläche umfasst die Suche im Repository, das Hinzufügen, das Abrufen mehrerer Einträge auf einmal, die Suche nach exakten Identifikatoren, den Export, das Löschen, Farbetiketten, Favoriten und Metadaten zu zuletzt verwendeten Einträgen.

Codex-Konfiguration

[mcp_servers.atomlens]
command = "/Applications/AtomLens.app/Contents/Helpers/atomlens-mcp"
enabled = true

Nachdem du die Codex-Konfiguration gespeichert hast, starte Codex neu, damit die MCP-Serverliste neu geladen wird.

Fehlerbehebung

• „Apply & Render“ ist deaktiviert: Die aktuelle Eingabe ist leer oder AtomLens kann noch kein unterstütztes Strukturformat erkennen.
• Unter „Lokale Molekül-Dateien“ werden keine Dateien angezeigt: Möglicherweise ist Spotlight noch dabei, den Index zu erstellen, oder AtomLens hat noch keine Dateinamen für unterstützte chemische Verbindungen gefunden.
• Finder-Label-Filter blenden alles aus: Aktive Finder-Label-Filter werden kombiniert, sodass ein Ergebnis mit jedem ausgewählten Label übereinstimmen muss.
• Der Extraktionsvorgang wird vorzeitig abgebrochen: Die Quelle enthält wahrscheinlich nur einen gültigen Datensatz, während für die Extraktion mehrere Datensätze erforderlich sind.
• Im Reaktionsmodus sind die Kartensteuerelemente deaktiviert: Die aktuelle Reaktion enthält keine Atomkartennummern.
• Ich brauche Reaktionsgrafiken: Verwendung File > Share > Share as SVG, PNG oder PDF für die visuelle Darstellung der gesamten Reaktion. Verwende RXN, RDF, Reaction SMILES, RInChI oder CML, wenn du eine Chemiedatei exportieren möchtest.

Datenschutz und Lizenzen

AtomLens ist eine Desktop-Software, bei der der lokale Einsatz im Vordergrund steht.

• Das Parsen, Anzeigen, Durchsuchen, Exportieren und Extrahieren erfolgt lokal auf deinem Mac.
• Die PDF-Textextraktion, die KI-gestützte Erkennung von chemischen Bezeichnungen und Strukturformeln, die KI-gestützte Namensgenerierung, die deterministische Strukturvalidierung und die Struktur-Miniaturansichten finden lokal statt. Ausgewählte PDF-Dateien und extrahierter Text werden nicht hochgeladen.
• Für die normale Nutzung ist weder ein Konto noch eine Anmeldung erforderlich.
• Spotlight und Quick Look verwalten lokale macOS-Indizes und Vorschau-Caches.
• Die Export- und Extraktionsergebnisse werden nur an die von dir ausdrücklich ausgewählten Speicherorte geschrieben.

OPSINSwift – Quellcode und Lizenzhinweis (im Lieferumfang enthalten)

Hinweise zum Chemie-Modell des Dokuments: Hinweis zu Modell und Herkunft, ChemDataExtractor2 MIT-Lizenz, SciBERT Apache-Lizenz 2.0, das DECIMER – Bildsegmentierung: Quelle, Modell und Urheberrechtshinweis, und das Hinweis zu Offline-Daten des IUPAC-Namensmodells und zur Herkunft.

Das einfache KI-Symbol, das im Diagramm zum Scan-Workflow verwendet wird, stammt aus dem AI-Symbolsatz der Europäischen Kommission. Die Kommission gibt an, dass die Symbole ohne Quellenangabe frei verwendet werden dürfen; AtomLens gibt die Quelle hier dennoch aus Gründen der Transparenz an.

Details zur Lizenzierung und Namensnennung der 3D-Farbpalette: 3D-Farbpaletten und Lizenzierung

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