AtomLens 3.1 Hilfe

AtomLens wandelt unterstützte chemische Texte und Dateien in interaktive 2D- und 3D-Molekülansichten sowie 2D-Reaktionsansichten, berechnete Bezeichner, Eigenschaften und exportierbare Dateien um. Es funktioniert mit gängigen Molekül- und Reaktionsformaten, unterstützt die direkte Texteingabe wie SMILES, InChI, Reaction SMILES und RInChI und kann unterstützte IUPAC-Bezeichnungen in gerenderte Strukturen umwandeln.

Über ein einzelnes Dokumentfenster hinaus lässt sich AtomLens mit macOS integrieren, sodass Chemie-Dateien weiterhin im Finder, in Quick Look, bei Spotlight, in den lokalen Molekül-Dateien und im verwalteten Repository genutzt werden können. Nutze das verwaltete Repository, wenn du Chemie-Dateien aus AtomLens haben möchtest, die lokal verfügbar bleiben und über iCloud synchronisiert werden können, sobald die Repository-Synchronisierung aktiviert ist.

1. Falls du keine Chemie-Dateien zur Hand hast, nutze den Begrüßungsbildschirm oder „Einstellungen > Verwaltetes Repository > Beispielstrukturen und -reaktionen hinzufügen“, um die mitgelieferten Beispiele zu importieren.
2. Öffne eine Chemie-Datei oder wähle „Strukturquelle bearbeiten“ in der Dokument-Symbolleiste, füge den unterstützten Text ein und wähle „Übernehmen & Rendern“.
3. Nutze „Lokale Dateien durchsuchen“, wenn du eine Spotlight-gestützte Suche in den Chemie-Dateien durchführen möchtest, die sich bereits auf deinem Mac befinden.
4. Verwende „Im verwalteten Repository speichern…“, wenn du möchtest, dass AtomLens eine verwaltete Kopie im verwalteten Repository aufbewahrt.
5. Öffne die Einstellungen, wenn du das Startverhalten, die Repository-Synchronisierung oder den Sandbox-Zugriff ändern möchtest.

AtomLens enthält Beispielstrukturen und Reaktionen, sodass du die App sofort ausprobieren kannst, ohne vorher Chemiedateien herunterladen oder suchen zu müssen. Das Set umfasst 20 „ChEBI-Entität des Monats“-Strukturen und 20 von Rhea abgeleitete Reaktionsbeispiele, darunter Reaktionsdatensätze, die über RInChI für den Import in ein Repository gespeichert wurden.

1. Lass beim ersten Start auf dem Begrüßungsbildschirm die Option „Beispielstrukturen und -reaktionen hinzufügen“ ausgewählt und wähle dann „Weiter“.
2. Falls der Begrüßungsbildschirm nicht mehr angezeigt wird, öffne „Einstellungen“ > „Verwaltetes Repository“ und wähle „Beispielstrukturen und -reaktionen hinzufügen“ aus.
3. Öffne „Datei > Verwaltetes Repository…“, um die importierten Beispiele zu durchsuchen, und nutze dann das Suchfeld des Repositorys oder den Filter „Nur Reaktionen“, um die Anzeige einzugrenzen.
4. Öffne eine Struktur- oder Reaktionskarte, um die Darstellung, die berechneten Eigenschaften, die Bezeichner und die Reaktionspartner zu überprüfen.

AtomLens vergleicht beim Import die InChIKeys der Strukturen und die langen RInChIKeys der Reaktionen, sodass beim erneuten Importieren der Beispiele bereits vorhandene Einträge übersprungen werden, anstatt Duplikate hinzuzufügen.

AtomLens ist eine „Local-First“-App von macOS. Das Parsen, Anzeigen, Exportieren und Extrahieren erfolgt auf deinem Mac. Wenn die Repository-Synchronisierung aktiviert ist, werden verwaltete Repository-Inhalte und Metadaten über iCloud übertragen, sofern verfügbar. Finder-Bezeichnungen, Spotlight-Metadaten und Quick-Look-Vorschauen sind integriert, sodass AtomLens auch außerhalb des Hauptdokumentfensters nützlich bleibt.