Paramètres et intégration au système

Panneaux de paramètres

AtomLens regroupe les paramètres dans des volets thématiques :

• Espace de travail : comprend Open a browser when launching AtomLens et te permet de choisir entre Fichiers de molécules locaux ou Référentiel géré comme navigateur par défaut.
• Référentiel géré : comprend Sync chemical files over iCloud. En la désactivant, le référentiel géré reste accessible et son contenu est stocké localement sur ce Mac ou ce iPad.
• Taille du texte : permet de régler l'échelle du navigateur d'aide ainsi que les options pratiques de taille du texte de l'interface utilisateur utilisées dans toutes les interfaces AtomLens.
• Autorisations : comprend l'utilitaire permettant d'accorder un accès plus fluide au dossier personnel en mode sandbox.
• Serveur MCP : configure l'accès local à stdio et à HTTP pour les clients d'automatisation.
• Les rubriques « Raccourcis » et « À propos » te donnent des infos utiles sans que tu aies à quitter l'appli.

Diagnostics d'exportation

Sur les modèles Mac et iPad, va dans Paramètres > À propos > Exporter les diagnostics…, choisis une destination, puis partage le rapport JSON enregistré quand tu demandes de l'aide. Indique l'heure approximative de l'incident, la version de l'application et ce que tu faisais à ce moment-là.

Le rapport contient les dernières mesures de mémoire et d'activité, les détails des applications et des appareils, ainsi que les rapports Apple MetricKit disponibles. L'historique local a une taille maximale et est conservé pendant sept jours maximum. Le contenu de Molecule et les chemins d'accès aux documents sont exclus ; rien n'est envoyé automatiquement. Une fermeture forcée peut ne laisser aucun événement final.

Sous OS 27, les rapports Apple disponibles décrivent également des activités telles que l'analyse PDF, l'indexation, la recherche structurelle, la visualisation 3D et l'automatisation des documents. Les rapports iPad peuvent mentionner des arrêts dus à un dépassement de la limite de mémoire ; les métriques 3D peuvent inclure les performances par image. Les activités signalées fournissent un contexte pour l'analyse, mais ne permettent pas à elles seules de déterminer la cause d'un plantage ou de l'utilisation des ressources.

Sur Mac, Workspace propose également la visualisation Start 3D avec rotation automatique. Sur iPad, contrôle la rotation directement dans le HUD du canevas. Les deux plateformes proposent des commandes distinctes pour l'interface et la taille du texte d'aide dans la section « Taille du texte ».

Autorisations

Dans les environnements macOS en mode sandbox, AtomLens peut avoir besoin d'autorisations d'accès aux fichiers pour que la réouverture, la recherche, l'aperçu rapide et la mise à jour des étiquettes dans le Finder fonctionnent mieux.

• Si un fichier ne s'ouvre pas à partir de la fonction « Recherche » ou « Fichiers récents », ouvre-le une fois via la fenêtre de sélection de fichiers et autorise l'accès si macOS te le demande.
• Si les étiquettes du Finder ne se mettent pas à jour à partir des fichiers de molécules locaux, accorde l'accès à l'emplacement concerné et réessaie l'action d'étiquetage.
• L'option Grant Access... Cette fonctionnalité sert à réduire les frictions répétées aux endroits fréquemment utilisés.

Finder et Spotlight

AtomLens s'intègre aux interfaces du système macOS pour que les fichiers de chimie restent accessibles en dehors de la fenêtre principale de l'appli.

• Aperçu rapide : les aperçus « Chemistry » sont disponibles dans le Finder, les fichiers de molécules locaux et le référentiel géré.
• À la une : AtomLens génère des métadonnées chimiques consultables pour la recherche de fichiers locaux.
• Étiquettes du Finder : les fichiers de molécules locaux et le référentiel géré lisent les métadonnées natives relatives aux étiquettes et aux balises, permettent de filtrer en fonction de celles-ci et peuvent réécrire les modifications d'étiquettes sélectionnées dans les fichiers.

Exemples pratiques dans le Terminal

mdfind 'de_losko_atomlens_is_molecule == 1'
mdfind 'de_losko_atomlens_is_reaction == 1'
mdfind 'de_losko_atomlens_inchi_key == "HVQAJTFOCKOKIN-UHFFFAOYSA-N"'

Service MCP

AtomLens comprend un module d'aide MCP intégré et un volet de paramètres du serveur MCP local pour les clients externes comme Codex. Dans une installation standard de macOS, le module d'aide se trouve à l'emplacement /Applications/AtomLens.app/Contents/Helpers/atomlens-mcp.

• Pour les clients stdio MCP, lance atomlens-mcp directement.
• Pour les clients HTTP JSON-RPC, ouvre « Paramètres », sélectionne « Serveur MCP », choisis le port, conserve ou crée le jeton « bearer » requis, puis lance le serveur.
• Utilise « Créer » pour générer un jeton « bearer », et active l'option « Lancer à la connexion » si tu veux que le serveur HTTP reste disponible après la connexion, même si AtomLens n'est pas ouvert.
• Le point de terminaison HTTP local géré par les paramètres se connecte à 127.0.0.1 et la valeur par défaut est http://127.0.0.1:8080/mcp. N'expose pas l'assistant en dehors d'une connexion de bouclage fiable.
• Les requêtes HTTP doivent inclure le jeton « bearer » configuré. L'assistant rejette les corps de requête dont la taille dépasse 1 MiB avant même de les lire.
• L'assistant « launch-at-login » lit la configuration MCP créée par l'application dans le dossier « Application Support » et se ferme sans rester à l'écoute si ce fichier ne contient pas de jeton d'authentification.
• Modifications apportées au bouton bascule du connecteur Codex ~/.codex/config.toml. AtomLens pourrait te demander l'accès à ton dossier d'accueil avant de s'installer.
• L'interface MCP actuelle permet de rechercher des référentiels, d'en ajouter, d'en récupérer plusieurs à la fois, d'effectuer une recherche par identifiant exact, d'exporter, de supprimer, d'attribuer des étiquettes de couleur, de marquer des éléments comme favoris et d'accéder aux métadonnées d'utilisation récente.

Configuration de Codex

[mcp_servers.atomlens]
command = "/Applications/AtomLens.app/Contents/Helpers/atomlens-mcp"
enabled = true

Après avoir enregistré la configuration de Codex, redémarre Codex pour qu'il recharge la liste des serveurs MCP.

Dépannage

• La fonction « Apply & Render » est désactivée : le champ de saisie est vide ou AtomLens n'a pas encore pu détecter un format de structure pris en charge.
• La rubrique « Fichiers de molécules locaux » n'affiche aucun fichier : Spotlight est peut-être encore en train d'indexer, ou bien AtomLens n'a pas encore trouvé de noms de fichiers chimiques pris en charge.
• Les filtres par étiquette du Finder masquent tout : les filtres par étiquette actifs du Finder sont combinés, donc un résultat doit correspondre à toutes les étiquettes sélectionnées.
• L'extraction s'arrête prématurément : la source ne contient probablement qu'un seul enregistrement valide, alors que l'extraction nécessite plusieurs enregistrements.
• Les commandes de la carte sont désactivées en mode « réaction » : la réaction en cours ne comporte pas de numéros de carte atomique.
• J'ai besoin d'une illustration de réaction : utiliser File > Share > Share as SVG, PNG ou PDF pour un affichage visuel de l'intégralité de la réaction. Utilise RXN, RDF, Reaction SMILES, RInChI ou CML pour exporter un fichier chimique.

Confidentialité et licences

AtomLens est un logiciel de bureau qui privilégie le fonctionnement en local.

• L'analyse, la visualisation, la navigation, l'exportation et l'extraction s'effectuent localement sur ton Mac.
• L'extraction de texte PDF, la reconnaissance des noms chimiques et des schémas assistée par l'IA, la génération de noms assistée par l'IA, la validation déterministe des structures et la création de vignettes de structures s'effectuent localement. Les fichiers PDF sélectionnés et le texte extrait ne sont pas téléchargés.
• Aucun compte ni identifiant n'est nécessaire pour une utilisation normale.
• Spotlight et Quick Look gèrent des index macOS locaux et des caches de prévisualisation.
• Les données d'exportation et d'extraction ne sont enregistrées que dans les emplacements que tu choisis explicitement.

Note sur le code source et la licence d'OPSINSwift (fournie avec le logiciel)

Remarques concernant les modèles de chimie des documents : mention relative au modèle et à la provenance, ChemDataExtractor2 sous licence MIT, SciBERT Licence Apache 2.0, le Avis concernant la source, le modèle et les mentions d'attribution de la segmentation d'images DECIMER, et le Données hors ligne du modèle de dénomination de l'IUPAC et note sur la provenance.

L'icône « AI » de base utilisée dans le schéma du flux de travail de numérisation provient de la Jeu d'icônes sur l'IA de la Commission européenneLa Commission précise que ces icônes peuvent être utilisées librement sans mention de la source ; AtomLens indique néanmoins la source ici par souci de transparence.

Détails concernant la licence et la mention de source de la palette de couleurs 3D : Palettes de couleurs 3D et licences

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