ATOMLENS 3.1 / AIDE MACApp Store ↗

Rédacteur en chimie

Dessine une molécule simple, une réaction ou une requête de recherche avec des atomes, des liaisons, des cycles et des symboles de réaction.

À quoi sert l'éditeur ?

AtomLens intègre un éditeur chimique qui te permet de dessiner directement des structures, sans avoir à taper SMILES ni à ouvrir un fichier. Dans les fichiers de molécules locaux et le référentiel géré, la fonction « Recherche par structure » utilise cet éditeur : tu peux donc dessiner la structure que tu veux trouver, puis choisir « Sous-structure » ou « Similitude ».

Pas besoin d'avoir des connaissances avancées en chimie pour commencer. Considère ce schéma comme une carte : les atomes sont des points, les liaisons sont les lignes qui les relient, les cycles sont des boucles fermées, et les flèches de réaction montrent comment les réactifs se transforment en produits.

Sur cette page

Ouvre et postule
Mise en page de l'éditeur
Déroulement de base du dessin
Groupes d'outils
Propriétés des atomes et des liaisons
Outils de recherche
Outils de réaction
Vérification de ton dessin

Ouvre l'éditeur et garde ton travail

Le menu Fichier > Nouveau ouvre un éditeur de schémas chimiques vide. Tu peux dessiner directement ou utiliser l'option « Ajouter une structure… ». L'option « Enregistrer dans le référentiel géré… » permet de sauvegarder le schéma en tant qu'entrée chimique gérée.
L'option « Ajouter une structure… » est également disponible quand tu modifies une molécule ou une réaction existante, ainsi que dans l'éditeur de requêtes. Choisis une structure dans le navigateur de molécules, sélectionne un fichier de structure ou saisis un nom chimique ou un texte de structure pris en charge. Clique ou appuie sur la zone de dessin pour placer l'ajout à côté du dessin existant. La commande « Annuler » supprime l'ajout ; « Annuler la modification » laisse le dessin inchangé. Les sélections effectuées dans le navigateur et dans les fichiers copient leur contenu dans le brouillon. Les réactions complètes conservent leurs rôles et leur mise en page, mais ne peuvent pas être utilisées comme requêtes de recherche de molécules.
À partir d’un document existant, les commandes « Draw Structure » ou « Draw Reaction » ouvrent un mode d’édition par étapes dans une fenêtre Mac indépendante, déplaçable et redimensionnable. Faites glisser la barre de titre pour la repositionner. Les barres d’outils supérieure et inférieure s’étendent sur plusieurs lignes entre les groupes de boutons lorsque la largeur est réduite, ce qui permet de garder tous les contrôles de la barre d’outils visibles à leur taille normale ; l’inspecteur défile verticalement, et les boutons « Annuler » et « Utiliser la structure » (ou « Utiliser la réaction ») restent en bas. Les commandes « Utiliser la structure » ou « Utiliser la réaction » mettent à jour le document source ; « Annuler » ou la fermeture de l’éditeur ne modifie pas ce dernier. La réouverture de l’éditeur affiche à nouveau le brouillon existant. La fermeture du document source ferme également son éditeur. Enregistre ou exporte le document mis à jour si tu souhaites en conserver une copie.
La recherche par structure de requête ouvre le même éditeur que pour une recherche de molécule dans la base de données. Choisis « Similitude » ou « Sous-structure », puis clique sur « Rechercher ». Cette recherche n'enregistre pas la requête en tant qu'entrée dans la base de données.
Dans iPad, choisis « Nouveau > Dessiner une structure dans la bibliothèque » ou « Ajouter > Dessiner une nouvelle structure dans un document ». « Annuler » supprime l'ébauche ; « Utiliser la structure » ouvre le nouveau document. Appuie et fais glisser pour remplacer l'interaction de la souris Mac ; les éditeurs de code source et de dessin restent séparés de la zone de travail du document.

Mise en page de l'éditeur

L'éditeur comporte trois zones principales :

Barre d'outils : choisis ce que la souris ou le trackpad va faire ensuite, par exemple sélectionner, dessiner un atome, dessiner une liaison, placer un cycle ou effacer.
Toile : la grande zone de dessin. Clique ou fais glisser ici pour placer des atomes, des liaisons, des modèles et des marques de réaction.
Inspecteur : le panneau de droite. Il affiche le nombre d'atomes et de liaisons, la formule, la masse, les vérifications de valence, les actions de sélection, les outils de nettoyage et les propriétés détaillées de l'atome ou de la liaison sélectionné(e).

Déroulement de base du dessin

Commence par le carbone. Le carbone est l'atome de départ habituel pour les structures organiques, et l'éditeur utilise le carbone par défaut.
Choisis un élément quand tu en as besoin. Utilise le menu des éléments pour passer du carbone à l'oxygène, à l'azote, au soufre, au chlore ou à un autre élément courant avant de placer un atome.
Trace des liaisons entre les atomes. Choisis l'outil « liaison » et clique ou fais glisser ta souris d'un atome à l'autre. Utilise le menu « ordre de liaison » pour créer des liaisons simples, doubles, triples ou aromatiques.
Utilisez des modèles pour les formes courantes. Les outils « Anneau » et « Chaîne » vous permettent de placer rapidement des structures telles qu'une chaîne de carbone, un cyclohexane ou un benzène.
Nettoie la mise en page. Si le dessin semble encombré ou irrégulier, utilise l'option « Nettoyer » dans l'inspecteur pour améliorer la mise en page 2D sans modifier les liaisons chimiques.
Lance la recherche ou continue à modifier. Dans la recherche par requête, choisis « Sous-structure » ou « Similitude », puis clique sur « Rechercher ».

Groupes d'outils

Groupe d'outils	Utilisez-le pour	Notes en langage simple
Outils de sélection	Sélectionne « Lasso », « Fragment », « Pan » et « Erase ».	L'outil « Modifier » permet de modifier des éléments existants. L'outil « Lasso » te permet de sélectionner une zone en dessinant son contour. L'outil « Fragment » t'aide à sélectionner des éléments reliés entre eux. L'outil « Panoramique » te permet de déplacer la vue. L'outil « Effacer » supprime les atomes, les liaisons et les marques de réaction.
Outils « Atom » et « Bond »	Atom Bond Wedge Hash Wavy Charge + Charge - Query Atom Query Bond Atom Map	Utilise ces symboles pour ton dessin chimique principal. Les liaisons en forme de coin et les traits hachurés indiquent l'orientation en 3D. Les traits ondulés signifient que la stéréochimie est inconnue ou non précisée. Les charges indiquent les atomes chargés positivement ou négativement.
Outils de modèles	Chaîne carbonée, cyclopropane, cyclobutane, cyclopentane, cyclohexane, benzène et modèles enregistrés.	Les modèles permettent de gagner du temps pour les chaînes et les cycles carbonés courants. Le benzène représente un cycle aromatique à six atomes.
Outils de réaction	Flèche de réaction, « réaction plus » et « réaction moins ».	Utilise ces symboles quand tu dessines une réaction. Place les réactifs à gauche de la flèche et les produits à droite. Les signes « plus » et « moins » séparent les éléments ou indiquent les parties ajoutées ou retirées, si nécessaire.
Affichage et historique	Annuler, refaire, zoomer, dézoomer et réinitialiser l'affichage.	Ces options modifient ta session d'édition ou ton affichage, pas la composition chimique elle-même. L'option « Réinitialiser l'affichage » recentre le dessin.
Presse-papiers	Copier-coller.	Utilise cette fonction pour dupliquer des parties de ton dessin ou pour déplacer des éléments dessinés d'une session de l'éditeur à l'autre.

Propriétés des atomes et des liaisons

Sélectionne un atome ou une liaison pour modifier ses détails dans l'inspecteur.

Numéro atomique et élément : remplacer un atome de carbone par un autre élément, ou saisir une étiquette comme Cl, N, ou O.
Charge : ajoute ou supprime une charge formelle à l'aide des outils de charge ou de l'inspecteur d'atomes. Par exemple, l'azote ammoniacal est souvent positif.
Isotopes, radicaux, valences et atomes d'hydrogène explicites : utilise-les uniquement si tu sais que la structure en a besoin. Pour la plupart des schémas simples, la gestion automatique des atomes d'hydrogène et des valences suffit.
Type de liaison : choisis entre simple, double, triple ou aromatique. Une liaison double correspond à deux paires d'électrons partagées ; une liaison aromatique sert à former des cycles aromatiques comme le benzène.
Liaisons stéréochimiques : les liaisons en forme de coin et en forme de « # » indiquent une liaison qui sort de la page ou se trouve derrière celle-ci. Utilise-les quand la stéréochimie est importante.

Outils de recherche

Les outils de requête permettent de définir ce qui est autorisé dans une recherche, plutôt que de dessiner un atome ou une liaison en particulier. Ils sont utiles quand tu sais quel motif tu veux obtenir, mais que tu ne connais pas tous les détails du résultat.

Dans une requête, « Atom » peut désigner « n'importe quel atome », « n'importe quel hétéroatome », un groupe générique ou une liste d'éléments autorisés ou exclus.
La requête « Query Bond » peut autoriser plusieurs types de liaisons ou exiger qu'une liaison fasse partie d'un anneau ou d'une chaîne.
Les options « Aromaticité » et « Topologie » permettent de définir si un atome ou une liaison doit être aromatique, aliphatique, dans un cycle ou dans une chaîne.
Utilise les atomes et les liaisons exacts quand tu as besoin de résultats précis. Utilise les atomes et les liaisons de recherche quand tu veux des résultats de recherche plus larges.

Outils de réaction

Les dessins de réactions associent des structures à des symboles de réaction.

Flèche de réaction : elle indique la direction allant des réactifs vers les produits.
Réaction « plus » : sépare plusieurs réactifs ou produits.
Réaction moins : indique une notation de réaction de type soustraction quand c'est nécessaire.
Carte des atomes : ajoute des numéros sur la carte pour pouvoir suivre le même atome depuis les réactifs jusqu'aux produits. C'est utile pour analyser les réactions, mais c'est facultatif pour les schémas simples.
Rôle dans la réaction : lorsqu'un élément sélectionné peut se voir attribuer un rôle, l'inspecteur peut le désigner comme réactif, produit, agent, catalyseur, condition ou solvant.

Vérification de ton dessin

L'outil de vérification t'aide à repérer les erreurs courantes avant d'utiliser le dessin pour une recherche ou une exportation.

Les atomes et les liaisons indiquent la taille du dessin.
La formule et la masse sont mises à jour dès que AtomLens peut les calculer.
Le « H » implicite compte les atomes d'hydrogène ; AtomLens s'ajoute automatiquement. Dans les schémas, les atomes d'hydrogène liés au carbone sont souvent sous-entendus plutôt que dessinés explicitement.
Les fonctions « Valence » et « Validation » t'avertissent quand un atome a trop ou pas assez de liaisons pour que la chimie soit normale.
Les réactions d'aromatisation et de désaromatisation permettent de faire passer certains systèmes cycliques de la forme aromatique à la forme à liaisons alternées, et vice versa.
La fonction « Enregistrer le modèle » permet de sauvegarder un fragment sélectionné pour que tu puisses le réutiliser plus tard depuis le menu des modèles.

Astuce : Si tu n'es pas sûr, dessine la partie de la molécule que tu reconnais ; commence par utiliser des atomes et des liaisons simples, puis affine les charges, la stéréochimie ou les options de recherche uniquement si la recherche l'exige.

AtomLens 3.1 · Guide du site mis à jour le 18/10/2026.