Editor de química

Abre el editor y guarda lo que hayas hecho

• Al seleccionar «Archivo > Nuevo» se abre un Editor de dibujos químicos vacío. Puedes dibujar directamente o usar «Añadir estructura…». La opción «Guardar en repositorio gestionado…» guarda el dibujo como una entrada química gestionada.
• La opción «Añadir estructura…» también está disponible al editar una molécula o reacción ya existente y en el editor de consultas. Elige una estructura del Navegador de moléculas, selecciona un archivo de estructura o introduce un nombre químico o texto de estructura compatible. Haz clic o toca el lienzo para colocar la adición junto al dibujo existente. La opción «Deshacer» elimina la adición; al cancelar, el dibujo permanece sin cambios. Las selecciones del navegador y de los archivos copian su contenido en el borrador. Las reacciones completas conservan sus funciones y su disposición, pero no se pueden usar como consultas de búsqueda de moléculas.
• A partir de un documento existente, las opciones «Dibujar estructura» o «Dibujar reacción» abren una edición por etapas en su propia ventana Mac, que puedes mover y redimensionar. Arrastra la barra de título para cambiar su posición. Las barras de herramientas superior e inferior se dividen en filas adicionales entre los grupos de botones cuando el ancho es reducido, lo que mantiene visibles todos los controles de la barra de herramientas en su tamaño normal; el inspector se desplaza verticalmente, y las opciones «Cancelar» y «Usar estructura» (o «Usar reacción») permanecen en la parte inferior. «Usar estructura» o «Usar reacción» actualiza el documento original; si pulsas «Cancelar» o cierras el editor, no se produce ningún cambio. Al volver a abrir el editor, se muestra el borrador existente. Al cerrar el documento original, también se cierra su editor. Guarda o exporta el documento actualizado cuando quieras conservar una copia.
• La búsqueda por estructura de consulta abre el mismo editor que se utiliza para buscar moléculas en el repositorio. Elige «Similaridad» o «Subestructura» y haz clic en «Buscar». Al realizar la búsqueda, la consulta no se guarda como entrada del repositorio.
• En iPad, selecciona «Nuevo» > «Dibujar estructura en la biblioteca» o «Añadir» > «Dibujar nueva estructura» en un documento. Al pulsar «Cancelar» se descarta el borrador; al pulsar «Usar estructura» se abre el nuevo documento. Toca y arrastra para sustituir Mac en lugar de usar el ratón; los editores de código fuente y de dibujo permanecen separados del lienzo del documento.

Diseño del editor

El editor tiene tres secciones principales:

• Barra de herramientas: elige qué va a hacer el ratón o el trackpad a continuación, como seleccionar, dibujar un átomo, dibujar un enlace, colocar un anillo o borrar.
• Lienzo: el área grande de dibujo. Haz clic o arrastra aquí para colocar átomos, enlaces, plantillas y marcas de reacción.
• Inspector: el panel de la derecha. Muestra el número de átomos y enlaces, la fórmula, la masa, las comprobaciones de valencia, las acciones de selección, las herramientas de limpieza y las propiedades detalladas del átomo o enlace seleccionado.

Proceso básico de dibujo

1. Empieza por el carbono. El carbono suele ser el átomo inicial de las estructuras orgánicas, y el editor lo utiliza por defecto.
2. Elige un elemento cuando lo necesites. Usa el menú de elementos para cambiar de carbono a oxígeno, nitrógeno, azufre, cloro u otro elemento común antes de colocar un átomo.
3. Dibuja enlaces entre átomos. Elige la herramienta de enlaces y haz clic o arrastra desde un átomo a otro. Usa el menú de orden de enlace para crear enlaces simples, dobles, triples o aromáticos.
4. Usa plantillas para las formas más comunes. Las herramientas de anillos y cadenas te permiten colocar rápidamente estructuras como una cadena de carbono, el ciclohexano o el benceno.
5. Ordena el diseño. Si el dibujo parece abarrotado o desequilibrado, usa la opción «Ordenar» del inspector para mejorar la disposición en 2D sin cambiar las conexiones químicas.
6. Realiza la búsqueda o sigue editando. En la búsqueda por consulta, selecciona «Subestructura» o «Similitud» y, a continuación, haz clic en «Buscar».

Grupos de herramientas

Propiedades de los átomos y los enlaces

Selecciona un átomo o un enlace para editar sus detalles en el inspector.

• Nombre del átomo y elemento: cambia un átomo de carbono por otro elemento, o escribe una etiqueta como, por ejemplo, Cl, N, o O.
• Carga: añade o elimina la carga formal con las herramientas de carga o con el inspector de átomos. Por ejemplo, el nitrógeno amoniacal suele tener carga positiva.
• Isótopos, radicales, valencias e hidrógenos explícitos: úsalos solo cuando sepas que la estructura los necesita. Para la mayoría de los esquemas sencillos, basta con el manejo automático de los hidrógenos y las valencias.
• Tipo de enlace: elige entre simple, doble, triple o aromático. Un enlace doble significa que hay dos pares de electrones compartidos; un enlace aromático se usa para anillos aromáticos como el benceno.
• Enlaces estereoquímicos: los enlaces en forma de cuña y de almohadilla indican un enlace que apunta hacia fuera o hacia atrás de la página. Úsalos cuando la estereoquímica sea importante.

Herramientas de búsqueda

Las herramientas de consulta describen lo que se permite en una búsqueda, en lugar de dibujar un átomo o un enlace concreto. Son útiles cuando sabes qué patrón buscas, pero no todos los detalles del resultado.

• En la consulta, «Atom» puede referirse a «cualquier átomo», «cualquier heteroátomo», un grupo genérico o una lista de elementos permitidos o excluidos.
• La consulta «Bond» puede permitir más de un tipo de enlace, o exigir que un enlace forme parte de un anillo o de una cadena.
• Las opciones de «Aromaticidad» y «Topología» te permiten indicar si un átomo o un enlace debe ser aromático, alifático, formar parte de un anillo o de una cadena.
• Usa «átomos exactos» y «enlaces exactos» cuando necesites coincidencias precisas. Usa «átomos de consulta» y «enlaces de consulta» cuando quieras resultados de búsqueda más amplios.

Herramientas de reacción

Los dibujos de reacciones combinan estructuras con símbolos de reacción.

• Flecha de reacción: indica la dirección de los reactivos a los productos.
• Reacción «plus»: separa varios reactivos o productos.
• Reacción menos: indica una notación de reacción similar a la resta cuando hace falta.
• Mapa de átomos: añade números a los átomos para que puedas seguir el recorrido de un mismo átomo desde el reactivo hasta el producto. Esto es útil para analizar reacciones, pero es opcional en los dibujos sencillos.
• Función en la reacción: cuando se le puede asignar una función a un elemento seleccionado, el inspector puede marcarlo como reactivo, producto, agente, catalizador, condición o disolvente.

Revisar tu dibujo

El inspector te ayuda a detectar errores habituales antes de usar el dibujo para realizar búsquedas o exportarlo.

• «Átomos y enlaces» muestra el tamaño del dibujo.
• La fórmula y la masa se actualizan cuando AtomLens puede calcularlas.
• El símbolo «H» implica que los hidrógenos AtomLens se añaden automáticamente. En los esquemas lineales, los hidrógenos del carbono suelen darse por supuestos en lugar de dibujarse explícitamente.
• Las funciones «Valencia» y «Validación» te avisan cuando un átomo tiene demasiados o muy pocos enlaces para lo que se espera en química.
• Los procesos de aromatización y desaromatización hacen que ciertos sistemas de anillos pasen de la forma aromática a la de enlaces alternados y viceversa.
• La opción «Guardar plantilla» guarda el fragmento seleccionado para que puedas volver a utilizarlo más adelante desde el menú de plantillas.

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