Trabajar con documentos estructurados

Abrir documentos

Puedes abrir archivos de Chemistry desde el Finder, desde File > Open..., de Open Recent, de Archivos de moléculas locales, o desde el Repositorio gestionado navegador. AtomLens abre formatos comunes de moléculas, formatos de reacciones, entradas químicas en texto sin formato y notaciones modernas como CXSMILES cuando se integra en un campo de entrada de texto compatible.

• Usa una ventana de documento cuando ya sepas qué archivo o texto quieres revisar.
• Usa «Examinar archivos locales...» en macOS cuando quieras buscar primero archivos locales cualquiera. En iPad, «Biblioteca» vuelve a la misma búsqueda y los mismos filtros; «Abrir documentos» recupera tus pestañas.
• Los documentos de reacción se pueden consultar como reacciones completas, exportar como archivos de reacción o guardar por participante cuando necesites estructuras individuales.

Importar y renderizar

Selecciona «Editar código fuente de la estructura» o «Editar código fuente de la reacción» en la barra de herramientas. El editor grande admite texto químico compatible y guarda los cambios provisionalmente hasta que pulses «Aplicar y renderizar». Si pulsas «Cancelar», el documento no se modifica.

• Introduce un nombre IUPAC… y se convertirá en una fuente de estructura en el editor. Aplica el resultado para actualizar el documento.
• Usa el editor de código fuente para revisar o sustituir SMILES, InChI, MOL/SDF o el texto de la reacción.
• Al hacer clic en «Dibujar estructura» o «Dibujar reacción», se abre un editor de dibujos independiente. Aplica los cambios que hayas hecho para actualizar el documento actual.
• Para un nuevo dibujo, Archivo > Nuevo abre el Editor de esquemas químicos. Consulta el proceso de dibujo.

Buscar con la molécula actual (macOS)

Usa la opción «Buscar» de la barra de herramientas de la ventana de moléculas para buscar en el repositorio gestionado la estructura que se muestra.

• La opción «Buscar estructuras similares…» te pide una puntuación mínima de similitud de Tanimoto entre 0 y 1 y, a continuación, muestra los resultados ordenados por relevancia.
• La función «Buscar coincidencias de subestructuras» busca moléculas del repositorio que contengan la estructura que se muestra.
• En el caso de un archivo que contenga varias moléculas, la consulta se refiere únicamente a la molécula que se muestra en ese momento. Se incluyen los cambios realizados; no es necesario guardar ni importar la consulta al repositorio.
• Los resultados se abren en una ventana aparte. El documento original y cualquier búsqueda que tengas abierta en el navegador siguen estando disponibles. La búsqueda no funciona si el documento está vacío o si se trata de una reacción.

Herramientas de lienzo y estilo

El lienzo central es interactivo. Puedes ampliar, girar, restablecer y hacer una captura de pantalla sin salir de la ventana del documento.

• Los controles deslizantes de zoom y rotación cambian la imagen activa al instante.
• La función «Instantánea» captura la vista actual como una imagen del área de dibujo.
• Usa el icono de al lado de «Restablecer» para que el HUD de la molécula o la reacción siga visible. El icono relleno significa «Fijado»; el tachado significa «Desfijado». Cada nuevo lienzo empieza sin estar fijado, y al desfijarlo se recupera el desvanecimiento habitual tras un tiempo de inactividad.
• La barra de herramientas ofrece controles relacionados con el estilo de representación, como los colores de los elementos, los colores de los enlaces, los círculos aromáticos, el estilo de resaltado y otras opciones de dibujo relacionadas.
• Los documentos de reacción usan el mismo modelo de interacción para la sección de dibujo, con controles adicionales que tienen en cuenta la reacción cuando hay información del mapa de átomos disponible.

Vistas de moléculas en 2D y 3D

El lienzo de moléculas tiene un selector 2D/3D. Las reacciones completas se muestran en 2D. La vista en 3D es solo una visualización, no una prueba de una conformación medida experimentalmente o minimizada energéticamente.

• Ball muestra bolas y palos, Stick hace hincapié en los enlaces y CPK utiliza esferas que llenan el espacio.
• Usa el control de la paleta para los colores de los átomos. La representación CPK y la paleta de colores CPK son opciones independientes. Consulta paletas disponibles y atribución.
• Arrastra con el ratón o haz clic y arrastra en el trackpad para girar el modelo 3D. Desplázate con dos dedos para moverlo por el lienzo, pellizca para ampliar o reducir la imagen y gira dos dedos para desplazarte horizontalmente. La rueda del ratón también sirve para ampliar o reducir la imagen. El desplazamiento con el trackpad se ajusta a tu configuración de desplazamiento macOS; en 2D, al arrastrar se mueve el dibujo.
• La opción «Instantánea» captura la vista 3D actual como archivo PNG. Las opciones «Archivo > Compartir» y «Exportar como SVG» utilizan la representación en 2D, incluidos los formatos para compartir PNG y PDF.
• En iPad, arrastra con un dedo para girar el modelo 3D y con dos dedos para moverlo por el lienzo. Haz un pellizco para ampliar o reducir la imagen y gira dos dedos para desplazarte lateralmente. La rotación automática se pausa durante los gestos y se reanuda cuando estos terminan en ambas plataformas. Desactívala para mantener una orientación fija. Los controles deslizantes X, Y y Z, «Restablecer» y «Instantánea» permanecen en el HUD.

Barra lateral de resumen

La barra lateral «Resumen» resume lo que AtomLens sabe sobre la estructura actual o el participante en la reacción seleccionado. Entre los valores típicos se incluyen la fórmula, el peso molecular, la masa monoisotópica, el número de anillos, el cumplimiento de la «Regla de los cinco» e identificadores generados, como SMILES o InChI.

• Los botones de copiar que hay junto a los identificadores te permiten pasar valores exactos a otras herramientas rápidamente.
• Cuando trabajas con una reacción, la vista general sigue al participante seleccionado en lugar de quedarse fija en la reacción completa.
• Oculta la barra lateral de resumen cuando quieras tener un lienzo más grande. Sigue habiendo un área separada para los participantes donde pueden dejar sus reacciones. Los valores marcados como «No disponible» no se han podido calcular; no son cero.

Exportar y compartir

Uso File > Export... cuando quieras escribir la molécula o reacción actual en otro formato químico. Usa File > Share cuando quieras enviar la molécula actual o la representación completa de la reacción en formato SVG, PNG o PDF a través de los destinos de compartir estándar de macOS.

• Entre las opciones más habituales para exportar moléculas se incluyen: .svg representaciones y formatos de química como .sdf, .smi, .inchi, .mol2, .cml, y .rgf cuándo se pueden escribir los datos del grupo R.
• ChemDraw CDX y ChemDraw CDXML exportan moléculas y reacciones en 2D que se pueden editar. Si la estructura química no es compatible, aparece un error. Ambos formatos también se pueden abrir o importar al repositorio gestionado. Si la estructura química no es compatible, aparece un error; el dibujo original se conserva durante la importación al repositorio.
• Los documentos de reacción se pueden exportar como .rxn, .rdf, .rsmi, .rinchi, o que soporten reacciones .cml.
• Save to Managed Repository... crea una entrada en el repositorio gestionado en lugar de una exportación genérica.
• El flujo de guardado del repositorio es, a propósito, más limitado que el de «Exportar»: solo admite formatos de archivo químicos que AtomLens pueda volver a abrir directamente en una ventana de moléculas o de reacciones.

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