处理结构化文档

打开文档

您可以从“Finder”中打开 chemistry 文件，从 File > Open...，来源： Open Recent，来源： 本地分子文件，或从 托管仓库 浏览器。AtomLens 支持打开常见的分子格式、反应格式、纯文本化学输入，以及当其嵌入到受支持的文本输入中时，还支持 CXSMILES 等现代符号表示法。

• 当您已经知道要查看的是哪个文件或文本时，请使用文档窗口。
• 若需先查找任意本地文件，请在 macOS 上使用“浏览本地文件...”功能。在 iPad 上，“库”将返回相同的搜索和筛选功能；“打开文档”则会恢复您的标签页。
• 反应文档既可以作为完整的反应进行查看，也可以导出为反应文件，或者在需要单个结构时按参与者逐一保存。

输入和渲染

在工具栏中选择“编辑结构源”或“编辑反应源”。大型编辑器支持输入符合规范的化学文本，并在点击“应用并渲染”之前会暂存所做的更改。点击“取消”则文档保持不变。

• 输入一个IUPAC名称……将支持的名称转换为编辑器中的结构源。应用结果以更新文档。
• 使用源代码编辑器查看或替换 SMILES、InChI、MOL/SDF 或反应文本。
• “绘制结构”或“绘制反应”会打开一个单独的绘图编辑器。应用其中的更改即可更新当前文档。
• 对于一个新的图纸， “文件” > “新建” 打开化学结构式编辑器。参见 绘图工作流程.

使用当前分子（macOS）进行搜索

使用分子窗口工具栏中的“搜索”功能，根据显示的结构在“受管存储库”中进行搜索。

• “查找相似结构…”会要求输入0到1之间的最小Tanimoto相似度得分，然后显示按排名排序的结果。
• “查找子结构匹配”可查找存储库中包含所显示结构的分子。
• 对于包含多个分子的文件，查询仅针对当前显示的分子。已进行的编辑将被包含在内；无需将查询保存或导入到存储库中。
• 搜索结果将在新窗口中打开。源文档和浏览器中现有的搜索结果仍可查看。对于空文档或反应，搜索功能将被禁用。

画布和样式工具

中央画布支持交互操作。您无需离开文档窗口，即可进行缩放、旋转、重置和截图操作。

• 缩放和旋转滑块会立即更改当前显示的内容。
• “快照”功能将当前视图作为绘图区域的图像保存下来。
• 使用“重置”旁边的图钉图标，可让分子或反应HUD保持可见。实心图钉表示“已固定”；带叉的图钉表示“已取消固定”。每个新画布初始状态均为“已取消固定”，取消固定后，在闲置时将恢复常规的淡出效果。
• 该工具栏提供了绘图样式控制项，例如元素颜色、键色、芳香环、高亮样式以及相关的绘图选项。
• 反应文档在绘图部分采用相同的交互模型，当有原子映射信息时，还会增加支持反应的控件。

2D和3D分子视图

分子画布提供了一个 2D/3D 选择器。整个反应过程仍以 2D 形式呈现。3D 视图仅是一种可视化展示，并非对实验测得或能量最小化构象的证明。

• Ball 展示了球和棍，Stick 强调了键，而 CPK 则使用了填充空间的球体。
• 使用调色板控件设置原子颜色。CPK 表示法和 CPK 调色板是两个独立的选项。参见 可用的调色板和来源说明.
• 使用鼠标拖动或在触控板上点击并拖动，可旋转 3D 模型。用两根手指滚动可在画布上移动模型，双指捏合可缩放，双指旋转可滚动。鼠标滚轮也可用于缩放。触控板的滚动行为遵循您的 macOS 滚动偏好设置；在 2D 模式下，拖动可移动绘图。
• “快照”功能将当前的 3D 视图保存为 PNG 格式。而“文件”>“共享”和 SVG 导出功能则使用 2D 渲染图，包括 PNG/PDF 共享格式。
• 在 iPad 上，用一根手指拖动可旋转 3D 模型，用两根手指拖动可在画布上移动模型。双指捏合可缩放，双指旋转可滚动。在两个平台上，执行手势操作期间自动旋转功能会暂停，手势结束时自动旋转功能将恢复。若需保持固定方向，请关闭该功能。X、Y 和 Z 滑块、“重置”和“快照”仍会显示在 HUD 中。

概述侧边栏

“概述”侧边栏总结了 AtomLens 所掌握的关于当前结构或所选反应参与者的信息。典型值包括化学式、分子量、单同位素质量、环数、“五规则”状态，以及生成的标识符（如 SMILES 或 InChI）。

• 标识符旁边的“复制”按钮可让您快速将精确数值复制到其他工具中。
• 当您查看一条互动时，概览会跟随所选参与者，而不是始终固定显示整个互动内容。
• 若需更大的画布，请隐藏“概览”侧边栏。参与者区域仍可单独用于显示互动反应。标记为“不可用”的数值无法计算，但它们不为零。

导出和分享

使用 File > Export... 当您想将当前的分子或反应转换为另一种化学格式时，请使用 File > Share 当您希望通过标准的macOS分享渠道，将当前分子或整个反应示意图以SVG、PNG或PDF格式发送时。

• 常见的分子导出选项包括 .svg 画面表现以及化学相关格式，例如 .sdf, .smi, .inchi, .mol2, .cml，以及 .rgf 何时可以写入R组数据。
• ChemDraw CDX 和 ChemDraw CDXML 可导出可编辑的 2D 分子和反应。若包含不受支持的化学结构，则会报错。这两种格式均可打开或导入到“受管存储库”中。若包含不受支持的化学结构，则会报错；导入存储库时，原始绘图将被保留。
• 反应文档可以导出为 .rxn, .rdf, .rsmi, .rinchi，或带反应的 .cml.
• Save to Managed Repository... 创建一个受管存储库条目，而不是通用导出。
• 存储库的保存流程故意设计得比“导出”功能更为严格：它仅接受AtomLens能够直接在分子或反应窗口中重新打开的化学文件格式。

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