托管存储库与 iCloud 同步

仓库面板

“托管库”是用于浏览 AtomLens 拥有的化学文件的托管库浏览器。它特意与“本地分子文件”保持一致，因此相同的网格浏览、排序控件、“快速查看”、共享以及 Finder 显示流程在此同样适用。

• 使用本地分子文件，在您 Mac 设备上已有的化学文件中进行由 Spotlight 支持的广泛发现。
• 对于您希望作为库保留的 AtomLens -managed 条目，请使用“托管存储库”。
• 在 macOS 中，“搜索托管存储库”作为 AtomLens 操作出现在“快捷方式”编辑器中。它会打开此窗口，并在现有存储库搜索中执行所请求的文本；Spotlight 文件索引仍由元数据导入工具单独处理。若要进行带变量的 Siri 搜索，请创建一个个人快捷方式：该快捷方式会提示输入文本，将提供的输入传递给 AtomLens 操作的“文本”字段，并设置一个易于记忆的名称（例如“在 AtomLens 中搜索”）。通过名称调用该个人快捷方式；随后 Siri 会提示输入搜索词。
• “托管存储库”卡片侧重于库的元数据和预览。它们不会显示托管副本的文件系统路径。
• 浏览器会根据共享存储库的观察结果进行刷新，因此内容和元数据的变更可以自动回传至浏览器。
• 关于底部状态栏中显示的“扫描”、“缓存”、“文本索引”、“分子索引”和“同步”消息，请参阅 浏览器状态消息.
• 在 macOS 中，卡片上下文菜单与底部的操作栏内容一致。可以从底部删除仓库条目 Delete... 按钮、卡片右键菜单，或通过 Backspace 选择后。
• Command-A 选择 macOS 上所有可见的“受管存储库”结果，因此批量删除和共享操作可以使用与“本地文件”相同的选择模型。
• 在 iPad 上，每张仓库卡片都配有用于标签、分享和删除的紧凑型图标按钮。点击卡片本身即可打开该项目。

使用“快捷指令”实现化学文档自动化

在苹果的“快捷指令”应用中，添加一个操作，然后搜索 AtomLens。在运行 OS 26 或更高版本的 Mac 和 iPad 上，请使用“查找 Chemistry 文档”、“打开 Chemistry 文档”、“获取 Chemistry 文档属性”和“导出 Chemistry 文档”这些操作。这些操作适用于保存在“受管存储库”中的文档。现有的 Mac“搜索受管存储库”操作仍会打开浏览器。

1. 添加“查找化学文档”。输入名称或关键词；可选地选择分子/反应类型、颜色标签或分子量范围。默认结果限制为20条，最多可显示500条。
2. 对于单个文档，将一个结果传递给“获取化学文档属性”以计算其属性，或传递给“打开化学文档”以在 AtomLens 中查看该文档。
3. 将该文档传递给“导出化学文档”功能，并选择“原始格式”、“SVG”、“PNG”、“PDF”或某种兼容的化学格式。添加 Apple 的“保存文件”或“快速查看”操作，以便使用生成的文件。

在 macOS / iPadOS 27 中，“导出化学文档”和“获取化学文档属性”可在一项操作中处理所选内容。例如，查找带有颜色标签的文档，将结果传递给“按原始格式导出化学文档”操作，然后将返回的文件传递给“保存文件”操作。批量处理最多支持 500 个选定标识符和 32 MiB 的总输出量。重复的选定项仅处理一次；具有相同文件名的导出文件将附加带编号的后缀。

在 OS 27 上进行长时间操作时，查找、属性计算和导出操作会显示进度。当出现“停止”控件时，请通过发起该操作的系统界面取消操作。取消操作将在处理阶段之间生效；已开始的化学计算可能需要先完成。被取消或失败的批处理不会返回部分选定的文件。

属性计算和格式转换支持最大 8 MiB 的单结构文档。若要保留完整的多结构或多反应文件，请使用“原始”选项。若“原始”文件大于批量输出限制，请使用单文档导出操作。不兼容的分子/反应格式会引发说明性错误。

当文档名称发生变化时，文档引用将随已保存项一同变更。文档必须可在运行该快捷方式的设备上访问；iCloud的传输可能仍处于待处理状态。在 OS 27 系统中，已保存的文档和可见的图书馆卡片还会为 Apple 的系统索引提供文档上下文。未保存的编辑内容和无关的外部文件不包含在该已保存文档上下文中。

您可以通过Siri，使用为Siri配置的语言，按名称调用个人快捷方式。AtomLens提供了英语和德语的操作名称。这些操作在设备端处理化学计算，不会生成任何PubChem请求或上传文档。

从 PubChem 导入

在“受管存储库”工具栏中选择 PubChem。输入名称、同义词、化合物ID（CID）、物质ID（SID）、化学式、SMILES、InChI或InChIKey，然后选择“搜索”。系统会自动识别常见的输入格式；对于含义不明确的输入，请选择“搜索”作为具体类型。其他标识符包括注册号和数据库标识符，例如CAS号。

结果以结构卡片的形式显示在 Mac 上的一个独立、可移动且可调整大小的窗口中，或在 iPad 上的一个对话框中。使用 加载更多结果 若要查看另一页，请选择 导入 在单张卡片上。原始的 2D SDF 及其 PubChem 属性被保存为 PubChem-CID.sdf 在当前存储库中，以“PubChem”作为该分子的显示名称，库内容随即刷新。匹配的查询文本会在可见名称、CID 和化学式中被高亮显示。“PubChem”也可能与卡片上未显示的同义词匹配。不支持多选或批量下载。新增的卡片在当前搜索会话中将保持选中状态。

搜索会将您的输入发送至 PubChem PUG REST 通过互联网进行。预览在本地生成。当每秒请求数低于五次时，AtomLens 会将搜索和下载操作进行串行化，并在 PubChem 忙碌时进行退避。您可以取消待处理的请求；已开始的存储库写入操作将安全地完成。导入的文件与其他受管理的文件使用相同的本地或 iCloud 存储库位置。

结构与反应示例

“托管存储库”可预先导入捆绑的示例数据，用于首次运行导览、演示、培训以及 App Store 审查。导入工具会添加 20 个“本月实体”结构（ChEBI）和 20 个源自 Rhea 的反应。

• “欢迎”屏幕提供了“添加示例结构和反应”选项。该选项仅在存储库初始为空时默认被选中。
• 稍后可在“设置”>“受管库”中通过“添加示例结构和反应”功能访问该导入工具。
• 示例与用户保存的条目存储在同一个“托管存储库”位置中；当存储库同步已启用且可用时，使用 iCloud。
• 重复检查会比较分子的 InChIKey 和反应的长 RInChIKey，因此重新运行导入工具时会跳过存储库中已存在的示例。
• 导入后，打开“文件”>“管理库...”菜单，并使用搜索、快速预览、仅反应过滤器或直接打开卡片来查看示例。

将文件保存到代码库

使用 File > Save to Managed Repository... 当您希望 AtomLens 创建当前化学上下文的受管副本时。

• “保存到存储库”流程仅接受 AtomLens 能够直接在分子窗口或反应窗口中重新打开的化学格式。
• 以下这些可视化输出： SVG 请保留在“导出”和“共享”流程中。这些格式不作为存储库保存格式提供。
• 在 macOS 上，可以通过以下方式添加仓库条目： Save to Managed Repository... 或从选定项中 本地文件 带有 复制到受管存储库.
• “移至托管仓库...”会导入所选的“本地文件”条目，并在确认后将原始文件移至“废纸篓”。
• 来自其他设备的同步内容也会自动显示在此处。

同步行为

请在 Mac 和 iPad 上使用同一 Apple 账号，并在每台设备的“设置”>“受管库”中启用通过 iCloud 同步化学文件的功能。AtomLens 会通过您的私人 iCloud 存储（如有可用）同步受管化学内容、标签、收藏项和最近使用记录。

• 接收到的更改会自动刷新代码库。大型代码库的首次同步可能需要一段时间；请保持 AtomLens 窗口打开，并在同步过程中查看代码库状态。
• iCloud 已暂时暂停——自动重试意味着 Apple 的服务繁忙或暂时限制了请求。AtomLens 会保留已保存的内容，并由 Apple 安排重试。详细信息中可能显示 Apple 请求重试后的时间；这并非预计完成时间。账户、存储空间和冲突警告仍会分别显示。
• 搜索索引、缩略图、文件以及系统搜索会在内容到达后跟上进度。上传/下载指示器仅显示进度信息，并不保证其他所有设备都已收到所有更改。
• 仅从任意文件夹打开的文件以及传递给“共享”功能的图片，不会自动添加到库同步中。如果文件应归入共享库，请保存一份受管理的副本。

已同步的元数据和“Finder”标签

当 AtomLens 在 macOS 上运行时，受管理的仓库标签可以映射到已实例化文件的 Finder 标签上。iPad 通过“文件”应用公开受管理的文件和标签。

• 仓库标签、收藏项和最近使用记录均包含在同步范围内。
• 在存储库浏览器中对 Finder 标签所做的更改，在 AtomLens 和 Finder 中均会保持可见。
• 在 AtomLens 处于活动状态时，远程同步的标签更改可以同步回 Finder，从而使跨设备标签状态保持更一致。

当同步功能关闭时

如果你关闭 Sync chemical files over iCloud 在 macOS AtomLens 设置中，受管存储库仍然可用，并将内容本地存储在此 Mac 上。

• “本地文件”功能继续为 AtomLens 以外的文件提供由 Spotlight 支持的广泛搜索功能。
• “受管存储库”面板、工具栏按钮、“文件”菜单项以及保存工作流将保持可见。
• 在 iPad 上，“受管存储库”、“保存”、“提取结果”、“文件”、“快速查看”和“存储库搜索”功能仍继续使用本地受管存储库。
• 您可以稍后在“设置”中重新开启同步功能，以便在可用时将受管内容移回 iCloud。

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