Repositorio gestionado y sincronización iCloud

Panel de repositorios

Managed Repository es el explorador de bibliotecas gestionadas para los archivos de química de AtomLens. Está diseñado para que coincida con los archivos de moléculas locales, de modo que allí también funcionen igual la navegación por cuadrículas, los controles de ordenación, la vista rápida, el uso compartido y el flujo de revelación del Finder.

• Usa los archivos de moléculas locales para realizar búsquedas amplias con Spotlight en todos los archivos de química que ya tienes en tu Mac.
• Usa el repositorio gestionado para las entradas gestionadas de AtomLens que quieras conservar como biblioteca.
• En macOS, la búsqueda en el repositorio gestionado está disponible como una acción AtomLens en el editor de atajos. Abre esta ventana y ejecuta el texto solicitado en la búsqueda del repositorio existente; la indexación de archivos de Spotlight sigue gestionándose por separado mediante el importador de metadatos. Para búsquedas variables con Siri, crea un atajo personal que te pida un texto, pase la entrada proporcionada al campo «Texto» de la acción AtomLens y tenga un nombre fácil de recordar, como «Buscar en AtomLens». Activa ese atajo personal por su nombre; entonces, Siri te pedirá el término de búsqueda.
• Las fichas de «Repositorio gestionado» se centran en los metadatos de la biblioteca y en las vistas previas. No muestran la ruta del sistema de archivos de la copia gestionada.
• El navegador se actualiza a partir de la información del repositorio compartido, por lo que los cambios en el contenido y los metadatos pueden incorporarse al navegador automáticamente.
• Para obtener más información sobre los mensajes de «escaneo», «caché», «índice de texto», «índice de moléculas» y «sincronización» que aparecen en la barra de estado inferior, consulta mensajes de estado del navegador.
• En macOS, los menús contextuales de las tarjetas reflejan la barra de acciones de la parte inferior. Las entradas del repositorio se pueden eliminar desde la parte inferior Delete... botón, desde el menú contextual de una ficha o con Backspace tras la selección.
• Command-A selecciona todos los resultados visibles del repositorio gestionado en macOS, por lo que la eliminación de varias entradas y el uso compartido pueden utilizar el mismo modelo de selección que los archivos locales.
• En iPad, cada ficha de repositorio tiene botones con iconos pequeños para etiquetar, compartir y borrar. Al pulsar sobre la propia ficha, se abre el elemento.

Automatiza los documentos de química con los atajos

En la app «Atajos» de Apple, añade una acción y busca «AtomLens». En Mac y iPad con la versión 26 del sistema operativo o posterior, usa «Buscar documentos de Chemistry», «Abrir documento de Chemistry», «Obtener propiedades del documento de Chemistry» y «Exportar documento de Chemistry». Estas acciones funcionan con documentos guardados en el repositorio gestionado. La acción existente «Buscar en el repositorio gestionado de Mac» sigue abriendo el navegador.

1. Selecciona «Buscar documentos de química». Introduce un nombre o una palabra clave; si quieres, elige el tipo de molécula o reacción, una etiqueta de color o unos límites de peso molecular. El límite predeterminado de resultados es 20, con un máximo de 500.
2. Si se trata de un solo documento, pasa un resultado a «Obtener propiedades del documento de química» para calcular sus propiedades, o a «Abrir documento de química» para verlo en AtomLens.
3. Envía ese documento a «Exportar documento químico» y elige «Original», «SVG», «PNG», «PDF» o cualquier formato químico compatible. Añade la acción «Guardar archivo» o «Quick Look» de Apple para usar el archivo resultante.

En macOS / iPadOS 27, los procesos «Exportar documentos químicos» y «Obtener propiedades de documentos químicos» procesan una selección en una sola acción. Por ejemplo, busca documentos con una etiqueta de color, pasa los resultados a «Exportar documentos de química» usando la opción «Original» y, a continuación, pasa los archivos resultantes a «Guardar archivo». Los lotes admiten hasta 500 identificadores seleccionados y 32 MiB de salida combinada. Las selecciones duplicadas se procesan una sola vez; las exportaciones con el mismo nombre de archivo reciben sufijos numerados.

La búsqueda, el cálculo de propiedades y la exportación muestran el progreso durante las operaciones largas en OS 27. Cancela la operación a través de la interfaz del sistema que la ha iniciado cuando aparezca la opción «Detener». La cancelación se aplica entre etapas de procesamiento; es posible que un cálculo químico que ya se esté realizando tenga que terminarse primero. Un lote cancelado o fallido no devuelve una selección parcial de archivos.

El cálculo de propiedades y la conversión de formatos admiten documentos de estructura única de hasta 8 MiB. Usa la opción «Original» para conservar un archivo completo con múltiples estructuras o reacciones. Si el archivo «Original» supera el límite de salida por lotes, usa la acción de exportación de documento único. Los formatos de moléculas o reacciones incompatibles generan un mensaje de error explicativo.

Las referencias a documentos siguen al elemento guardado cuando cambia su nombre. El documento debe estar disponible en el dispositivo en el que se ejecuta el acceso directo; es posible que la entrega de iCloud aún esté pendiente. En OS 27, los documentos guardados y las fichas de biblioteca visibles también aportan contexto del documento al índice del sistema de Apple. Las modificaciones no guardadas y los archivos externos no relacionados quedan excluidos de ese contexto de documento guardado.

Puedes activar un atajo personal por su nombre a través de Siri, utilizando el idioma que tengas configurado para Siri. AtomLens ofrece nombres de acciones en inglés y alemán. Estas acciones procesan la química en el propio dispositivo y no implican ninguna solicitud PubChem ni la subida de documentos.

Importar desde PubChem

Selecciona «PubChem» en la barra de herramientas del repositorio gestionado. Introduce un nombre, un sinónimo, un identificador de compuesto (CID), un identificador de sustancia (SID), una fórmula, SMILES, InChI o InChIKey y selecciona «Buscar». La función detecta automáticamente los formatos de entrada más comunes; elige un tipo de búsqueda específico si la entrada es ambigua. Otros identificadores incluyen los de registros y bases de datos, como los números CAS.

Los resultados aparecen como tarjetas de estructura en una ventana independiente, que se puede mover y cambiar de tamaño, en Mac, o en un cuadro de diálogo en iPad. Usa Cargar más resultados para pasar a otra página, elige Importar en una tarjeta individual. El SDF 2D original y sus propiedades PubChem se guardan como PubChem-CID.sdf en el repositorio actual, con el nombre de la molécula «PubChem» como nombre visible, y la biblioteca se actualiza. El texto de la consulta que coincida aparece resaltado en los nombres visibles, los CID y las fórmulas. «PubChem» también puede coincidir con sinónimos que no aparezcan en la ficha. No se puede seleccionar varias entradas ni descargarlas en bloque. Una ficha añadida permanece marcada durante la sesión de búsqueda actual.

Las búsquedas envían lo que escribes a PubChem PUG REST por Internet. Las vistas previas se generan localmente. AtomLens serializa las búsquedas y descargas por debajo de cinco solicitudes por segundo y reduce la frecuencia cuando PubChem está ocupado. Puedes cancelar una solicitud pendiente; una escritura en el repositorio que ya haya comenzado se completará de forma segura. Los archivos importados usan la misma ubicación en el repositorio local o en iCloud que el resto de archivos gestionados.

Ejemplos de estructuras y reacciones

El repositorio gestionado se puede prellenar con datos de ejemplo incluidos en el paquete para un recorrido de primera ejecución, demostraciones, formación y revisión de App Store. El importador añade 20 estructuras de «Entidad del mes» de ChEBI y 20 reacciones derivadas de Rhea.

• La pantalla de bienvenida ofrece la opción «Añadir estructuras y reacciones de ejemplo». Esta opción viene marcada por defecto solo cuando el repositorio está vacío al iniciarse.
• Ese mismo importador lo encontrarás más adelante en «Configuración» > «Repositorio gestionado», en la opción «Añadir estructuras y reacciones de ejemplo».
• Los ejemplos se guardan en la misma ubicación del repositorio gestionado que las entradas guardadas por los usuarios, utilizando iCloud cuando la sincronización del repositorio está activada y disponible.
• La comprobación de duplicados compara las claves InChI de las moléculas y las claves RInChI largas de las reacciones, así que, si vuelves a ejecutar el importador, se omitirán los ejemplos que ya estén en el repositorio.
• Una vez importados, abre Archivo > Repositorio gestionado... y usa la búsqueda, la vista rápida, el filtro «solo reacciones» o la apertura directa de las fichas para echar un vistazo a los ejemplos.

Guardar archivos en el repositorio

Uso File > Save to Managed Repository... cuando quieras que AtomLens cree una copia gestionada del contexto químico actual.

• El proceso de guardado en el repositorio solo admite formatos químicos que AtomLens pueda volver a abrir directamente en una ventana de moléculas o en una ventana de reacciones.
• Resultados visuales como SVG Quedan en los flujos de «Exportar» y «Compartir». No están disponibles como formatos para guardar en el repositorio.
• En macOS, las entradas del repositorio se pueden añadir a través de Save to Managed Repository... o de una selección de Archivos locales cartas con Copiar al repositorio gestionado.
• La opción «Mover al repositorio gestionado...» importa las entradas seleccionadas de «Archivos locales» y, tras la confirmación, mueve los originales a la Papelera.
• El contenido sincronizado desde otros dispositivos también puede aparecer aquí automáticamente.

Comportamiento de la sincronización

Usa la misma cuenta de Apple en Mac y iPad y activa la sincronización de archivos químicos a través de iCloud en Ajustes > Repositorio gestionado en cada dispositivo. AtomLens sincroniza el contenido químico gestionado, las etiquetas, los favoritos y el uso reciente a través de tu almacenamiento privado en iCloud cuando esté disponible.

• Los cambios recibidos actualizan el repositorio automáticamente. La primera sincronización de una biblioteca grande puede tardar un rato; deja AtomLens abierto y comprueba el estado del repositorio mientras se realiza.
• iCloud se ha detenido temporalmente: el reintento automático significa que el servicio de Apple está ocupado o limitando temporalmente las solicitudes. AtomLens guarda el contenido, y Apple programa el reintento. Los detalles pueden mostrar el tiempo transcurrido desde que Apple solicitó el reintento; esto no es una estimación de cuándo se completará. Las advertencias sobre la cuenta, el almacenamiento y los conflictos se mantienen por separado.
• Los índices de búsqueda, las miniaturas, los archivos y la búsqueda del sistema pueden ponerse al día una vez que llega el contenido. El indicador de subida/descarga muestra el progreso, pero no garantiza que todos los demás dispositivos hayan recibido todos los cambios.
• Los archivos que simplemente se abren desde carpetas cualquiera y los archivos que se envían a Share no se añaden automáticamente a la sincronización del repositorio. Guarda una copia gestionada cuando el archivo deba formar parte de la biblioteca compartida.

Metadatos sincronizados y etiquetas del Finder

Mientras AtomLens se ejecuta en macOS, las etiquetas de los repositorios gestionados se pueden reflejar en las etiquetas de Finder para los archivos materializados. iPad muestra los archivos y las etiquetas gestionados a través de «Archivos».

• Las etiquetas de los repositorios, los favoritos y el historial de uso se incluyen en la sincronización.
• Los cambios en las etiquetas del Finder que se hagan en el explorador del repositorio siguen apareciendo tanto en AtomLens como en el Finder.
• Los cambios en las etiquetas sincronizados de forma remota se pueden reflejar de nuevo en el Finder mientras AtomLens está activo, lo que hace que el estado de las etiquetas sea más coherente entre dispositivos.

Cuando la sincronización está desactivada

Si lo apagas Sync chemical files over iCloud En la configuración de macOS AtomLens, el repositorio gestionado sigue estando disponible y almacena el contenido localmente en este Mac.

• «Archivos locales» sigue ofreciendo una amplia búsqueda, con la ayuda de Spotlight, en los archivos que no están dentro de AtomLens.
• El panel «Repositorio gestionado», el botón de la barra de herramientas, la opción del menú «Archivo» y el flujo de trabajo de guardado siguen visibles.
• En iPad, el repositorio gestionado, la función «Guardar», los resultados de la extracción, los archivos, la vista rápida y la búsqueda en el repositorio siguen utilizando el repositorio gestionado local.
• Puedes volver a activar la sincronización más tarde desde «Ajustes» para volver a transferir el contenido gestionado a iCloud cuando esté disponible.

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