ATOMLENS 3.1 / AYUDA PARA MACApp Store ↗

Glosario

Breves explicaciones de los términos químicos, identificadores, propiedades calculadas, conceptos de reacción y formatos de archivo que aparecen en AtomLens.

En esta página

Nombres e identificadores
Propiedades estructurales
Términos de reacción
Formatos y notación

Nombres e identificadores

Nombre de la IUPAC: Un nombre químico sistemático que describe una estructura según las reglas de nomenclatura. AtomLens convierte los nombres IUPAC compatibles en datos de estructura.
SMILES: Una línea de texto compacta que codifica los átomos, los enlaces, las ramificaciones, los anillos, las cargas y, a veces, la estereoquímica de una molécula.
ISO SMILES: La etiqueta «AtomLens» corresponde al isómero «SMILES», que conserva la información sobre la estereoquímica y los isótopos cuando dicha información está disponible.
CXSMILES: Una notación SMILES ampliada que puede incluir anotaciones adicionales, como coordenadas, etiquetas de átomos, resaltados, características de Markush e información de consulta.
InChI: El Identificador Químico Internacional de la IUPAC, un identificador de texto estándar para una estructura química.
InChIKey: Un hash de longitud fija derivado de un InChI. Es más fácil de buscar y comparar que el InChI completo, pero no es una descripción completa de la estructura.
RInChI: La reacción InChI, un identificador estándar que describe una reacción química combinando los identificadores InChI de sus participantes.
RInChIKey: Un identificador hash derivado de un RInChI. AtomLens muestra las variantes larga, corta y web cuando puede generarlas.
Long RInChIKey: La variante de RInChIKey que contiene más información. Es más larga, pero presenta el menor riesgo práctico de colisión de entre todas las formas de RInChIKey que se muestran.
RInChIKey corto: Una variante más corta de RInChIKey que AtomLens también usa para nombrar los archivos de reacciones extraídos.
Web RInChIKey: La variante más corta de RInChIKey, pensada para búsquedas y enlaces web compactos, más que como el identificador único más seguro.
Estado de RInChI: El resultado de la generación de un identificador de reacción. Si aparece «Éxito», significa que se ha generado el identificador; si aparece «Advertencia» o «Error», significa que AtomLens ha recibido mensajes de diagnóstico.
Mensajes de RInChI: Texto de diagnóstico del generador RInChI que explica las advertencias o los errores.
Fórmula molecular: El número de elementos que hay en una molécula, como C2H6O en el caso del etanol.

Propiedades estructurales

Átomo: Un elemento central de la estructura, como el carbono, el oxígeno, el nitrógeno o el cloro.
Bono: Una conexión entre átomos. El orden de enlace indica si se trata de un enlace simple, doble, triple, aromático o de otro tipo admitido.
Átomo pesado: Un átomo que no sea de hidrógeno. El recuento de átomos pesados suele ser una forma rápida de medir el tamaño de una estructura.
Peso molecular: La masa calculada de una molécula, expresada en daltons (Da).
Masa molar: La masa de un mol de la sustancia, expresada en gramos por mol (g/mol).
Masa monoisotópica: La masa calculada a partir del isótopo más común de cada elemento, útil para los trabajos de espectrometría de masas.
Dalton (Da): Una unidad que se usa para medir la masa a escala molecular. Un dalton equivale aproximadamente a la masa de un protón o un neutrón.
Donante de enlaces de hidrógeno: Un grupo que puede aportar un enlace de hidrógeno, normalmente formado por átomos de hidrógeno unidos a oxígeno o nitrógeno.
Aceptor de enlaces de hidrógeno: Un átomo o grupo que puede formar un enlace de hidrógeno, normalmente mediante los pares solitarios de oxígeno, nitrógeno o azufre.
TPSA: Área de superficie polar topológica. Estima la superficie polar expuesta a partir de la estructura bidimensional y se suele utilizar para analizar la permeabilidad.
Volumen de Van der Waals: Un volumen aproximado que ocupan los átomos en una molécula, calculado a partir de sus radios de van der Waals.
Bono convertible: Un enlace que, por lo general, puede girar libremente. Cuanto mayor sea el número, más flexible suele ser la molécula.
Recuento de anillos: El número de sistemas de anillos detectados en la molécula.
La regla de los cinco: La guía rápida de Lipinski sobre las moléculas pequeñas con propiedades farmacológicas, basada en el peso molecular, los enlaces de hidrógeno y otras propiedades relacionadas.
Aromaticidad: Un patrón de enlaces habitual en los anillos de tipo bencénico. AtomLens permite dibujar sistemas aromáticos con líneas interiores o círculos aromáticos.
Estereoquímica: Información sobre la disposición tridimensional, como los enlaces en cuña, la geometría de los dobles enlaces o los centros quirales.
Isótopo: Un átomo del mismo elemento con un número másico diferente. Los isótopos se pueden guardar en identificadores e isómeros SMILES.
Carga: Carga formal positiva o negativa que se le asigna a un átomo o a un grupo.
Valencia: El número o patrón esperado de enlaces alrededor de un átomo. Una valencia inusual puede indicar un caso especial real o una estructura defectuosa.
Átomo de consulta: Un marcador de posición «átomo» que se usa en formatos de búsqueda o consulta. Puede representar una clase de átomos posibles en lugar de un elemento concreto.
Fianza de garantía: Un marcador de posición para bonos que se usa en formatos de búsqueda o consulta. Puede representar varios tipos de bonos posibles.
Destacado: Anotación visual que marca átomos, enlaces o zonas de interés sin alterar la composición química subyacente.

Términos de reacción

Reacción: Una transformación química en la que hay sustancias de entrada y de salida, a veces con agentes o condiciones.
Reactivo: Sustancia de partida que se consume o se transforma durante la reacción.
Agente: Un reactivo, catalizador, disolvente o condición que interviene en la reacción, pero que no se considera un reactivo principal ni un producto.
Producto: Una sustancia que se forma como resultado de la reacción.
Participante en la encuesta: Cualquier reactivo, agente o producto que aparezca como parte de la reacción.
Estequiometría: La cantidad relativa o el coeficiente de un participante en una reacción.
Dirección: El significado de la flecha de reacción, como «hacia adelante», «hacia atrás», «bidireccional», «sin sentido», «retrosintética», «resonancia» o «sin dirección».
Adelante: Una dirección de reacción en la que los reactivos se transforman en productos siguiendo la dirección que se muestra, de izquierda a derecha.
Atrás: Una dirección de reacción en la que la flecha que se ve apunta desde los productos de vuelta hacia los reactivos.
Bidireccional: Una dirección de reacción que indica que tanto la transformación directa como la inversa son relevantes.
No vale: Una dirección de reacción que se usa para indicar que la transformación no se espera o que no se ha producido.
Retrosintético: Una estrategia de planificación que parte del producto final y va retrocediendo hasta las posibles materias primas.
Resonancia: Se trata de una relación entre representaciones alternativas de la misma estructura electrónica, en lugar de una conversión química normal.
Sin dirección: Un registro de reacción sin una dirección específica.
Número de Atom-map: Un número que relaciona los átomos correspondientes entre los reactivos y los productos, para poder seguir los cambios a lo largo de una reacción.
Reacción SMILES: Un formato de texto basado en SMILES para reacciones, en el que normalmente se separan los reactivos, los agentes y los productos con delimitadores en forma de flecha.

Formatos y notación

LMC: Chemical Markup Language, un formato XML para moléculas y reacciones.
MDL Molfile: Un formato de archivo de estructura habitual para una molécula, que suele utilizar el .mol extensión.
MDL SDFile: Un formato de estructura con varios registros, que suele utilizar .sdf o .sd, que puede almacenar moléculas y campos de datos con nombre.
Atributo SDF: Un campo de datos con nombre que se almacena junto con un registro SDF, como un identificador de proveedor, un valor de actividad o una anotación.
V2000: La sintaxis MDL Molfile/RXN, más antigua y ampliamente utilizada.
V3000: Una sintaxis MDL Molfile/RXN más reciente que permite representar estructuras más grandes y complejas.
Carga de dosis múltiples: Un formato de archivo de reacción MDL, que suele utilizar el .rxn extensión.
MDL RDF: Un formato de archivo de datos de reacciones MDL que puede contener registros de reacciones y datos asociados.
Tripos MOL2: Un formato de estructura de texto que se usa a menudo para el modelado molecular y la información sobre los tipos de átomos.
PDB: Formato del Protein Data Bank, que se usa habitualmente para las estructuras tridimensionales de macromoléculas.
XYZ te cuento: Un formato de coordenadas sencillo que enumera los átomos y sus posiciones en 3D.
CSV: Valores separados por comas. AtomLens utiliza el formato CSV para las tablas de atributos SDF extraídas.
SVG: Gráficos vectoriales escalables. AtomLens puede exportar o compartir planos de estructuras como ilustraciones independientes de la resolución.
PNG: Un formato de imagen ráster muy útil para hacer capturas de pantalla y compartirlas en aplicaciones que admiten imágenes.
PDF: Un formato de documento por páginas muy útil para imprimir, revisar y compartir sin perder la calidad vectorial.
Estructura de Markush: Una estructura genérica con grupos variables, que se suele usar para describir una familia de compuestos relacionados.
Grupo R: Un sustituyente variable en una estructura de Markush o de consulta.
Andamio: El núcleo principal común de una estructura o familia de estructuras.
Unidad de repetición: Una unidad estructural que se repite en un polímero o una secuencia repetitiva.
Nodo de enlace: Una característica de notación que representa la unión repetida a través de un enlace en ciertas estructuras de tipo consulta o polímero.

AtomLens 3.1 · Guía del sitio web actualizada el 18 de octubre de 2026.