ATOMLENS 3.1 / MAC 帮助App Store ↗

设置与系统集成

请查看 macOS 的“设置”面板、仓库同步首选项、沙盒访问权限、Finder 集成、Spotlight 元数据以及常见的故障排除步骤。

设置布局

打开设置从应用菜单中，或通过 Command-,. 选择与任务对应的窗格：工作区（用于启动行为）、托管仓库（用于本地或由 iCloud 支持的仓库功能）、文本大小（用于显示缩放）、权限（用于沙箱访问）、MCP 服务器（用于本地自动化）、快捷方式（用于命令）以及“关于”（用于查看版本和许可信息）。

本页内容

设置面板
导出诊断信息
权限
“Finder”和“Spotlight”
MCP 服务
故障排除
隐私与许可

设置面板

AtomLens 将设置分组显示在相应的专属面板中：

工作区： 包括 Open a browser when launching AtomLens 并允许您选择以下任一选项： 本地分子文件 或 托管仓库 作为默认浏览器。
托管仓库： 包括 Sync chemical files over iCloud. 关闭该功能后，受管存储库仍可使用，其内容将保存在该 Mac 或 iPad 上。
文字大小：控制“帮助”浏览器的缩放比例，以及AtomLens各界面中常用的实用UI文字大小选项。
权限：包含一个辅助工具，用于更顺畅地授予对主文件夹的沙盒访问权限。
MCP 服务器：为自动化客户端配置本地 stdio 和 HTTP 访问。
“快捷方式”和“关于”可在不离开应用的情况下提供参考信息。

导出诊断信息

在 Mac 和 iPad 上，请打开“设置” > “关于” > “导出诊断信息…”，选择保存位置，然后在寻求帮助时分享已保存的 JSON 报告。请附上事件发生的大致时间、应用版本以及当时的操作情况。

该报告包含最近的内存和活动测量数据、应用/设备详细信息，以及可用的 Apple MetricKit 报告。本地历史记录有固定的大小限制，且保留期限最长为七天。Molecule 内容和文档路径不包含在内；系统不会自动发送任何数据。强制终止可能会导致没有最终事件记录。

在 OS 27 中，可用的 Apple 报告还描述了诸如 PDF 扫描、索引、结构化搜索、3D 查看和文档自动化等活动。iPad 报告可能包含因内存限制导致的终止；3D 指标可能包含帧性能。报告中的活动为调查提供了背景信息，但仅凭这些信息本身并不能确定崩溃或资源使用的原因。

在 Mac 平台上，Workspace 还提供了“启动 3D 可视化（带自动旋转）”功能。在 iPad 平台上，可直接在画布 HUD 中控制旋转。这两个平台均在“文字大小”选项下提供了独立的界面和帮助文本大小控制功能。

权限

在沙盒化的 macOS 环境中，AtomLens 可能需要文件访问权限，以确保重新打开、搜索、快速预览以及 Finder 标签更新功能能够更顺畅地运行。

如果无法通过“搜索”或“最近打开的文件”重新打开某个文件，请先通过文件选择器打开该文件一次，如果 macOS 提示，请授予访问权限。
如果“Finder”标签无法从“本地分子文件”中更新，请授予相关位置的访问权限，然后再次尝试执行标签操作。
可选的 Grant Access... helper 旨在减少对常用位置的重复操作带来的麻烦。

“Finder”和“Spotlight”

AtomLens 与 macOS 系统界面集成，因此化学文件在主应用程序窗口之外仍可正常使用。

快速预览：Finder、本地分子文件和管理库中均提供化学预览功能。
焦点：AtomLens 可为本地文件检索生成可搜索的化学元数据。
Finder 标签：本地分子文件和受管存储库会读取原生标签和标签元数据，并据此进行筛选，同时可以将选定的标签更改写回文件中。

常用元数据键	含义
`de_losko_atomlens_is_molecule`	本地文件浏览器查询中使用的通用化学索引标记。
`de_losko_atomlens_is_reaction`	反应特异性索引标志。
`de_losko_atomlens_smiles`	示例或生成的 SMILES。
`de_losko_atomlens_inchi_key`	已生成 InChI 密钥。
`de_losko_atomlens_formula`	分子式。
`de_losko_atomlens_molecular_weight`	以道尔顿为单位的分子量。
`de_losko_atomlens_xlogp`	XLogP 估计值。
`de_losko_atomlens_rule_of_five_compliant`	“五条规则”合规标记。

有用的终端示例

mdfind 'de_losko_atomlens_is_molecule == 1'
mdfind 'de_losko_atomlens_is_reaction == 1'
mdfind 'de_losko_atomlens_inchi_key == "HVQAJTFOCKOKIN-UHFFFAOYSA-N"'

MCP 服务

AtomLens 包含一个捆绑的 MCP 辅助程序，以及一个用于 Codex 等外部客户端的本地 MCP 服务器设置面板。在标准的 macOS 安装中，该辅助程序位于 /Applications/AtomLens.app/Contents/Helpers/atomlens-mcp.

对于 stdio MCP 客户端，请运行 atomlens-mcp 直接。
对于 HTTP JSON-RPC 客户端，请打开“设置”，选择“MCP 服务器”，选择端口，保留或创建所需的 Bearer 令牌，然后启动服务器。
使用“创建”生成一个承载令牌，并启用“登录时启动”选项，这样在登录后，即使 AtomLens 未打开，HTTP 服务器仍将保持可用状态。
由“设置”管理的本地 HTTP 端点绑定到 127.0.0.1 默认值为 http://127.0.0.1:8080/mcp. 请勿将该辅助程序暴露在可信回环连接之外。
HTTP 请求必须包含已配置的 Bearer 令牌。该辅助程序会在读取请求正文之前，拒绝大于 1 MiB 的请求正文。
“登录时启动”辅助程序会从“Application Support”中读取应用程序生成的 MCP 配置；如果该配置中缺少承载令牌，则该程序会直接退出，而不进行监听。
Codex 连接器切换编辑 ~/.codex/config.toml. 安装 AtomLens 之前，系统可能会要求访问“用户”文件夹。
当前的 MCP 界面涵盖了仓库搜索、添加、批量获取、精确标识符查询、导出、删除、颜色标签、收藏夹以及最近使用元数据等功能。

Codex 配置

[mcp_servers.atomlens]
command = "/Applications/AtomLens.app/Contents/Helpers/atomlens-mcp"
enabled = true

保存 Codex 配置后，请重启 Codex，以便其重新加载 MCP 服务器列表。

故障排除

“应用并渲染”功能已禁用：当前输入为空，或者 AtomLens 尚未检测到受支持的结构格式。
“本地分子文件”中未显示任何文件：Spotlight 可能仍在建立索引，或者 AtomLens 尚未找到受支持的化学文件名。
“Finder 标签”过滤器会隐藏所有内容：启用的“Finder 标签”过滤器会合并，因此搜索结果必须与所有选定的标签都匹配。
提取操作提前终止：源数据中可能仅包含一条有效记录，而“提取”操作需要多条记录。
在反应模式下，地图控件被禁用：当前反应不包含原子地图编号。
需要反应效果图： 使用 File > Share > Share as SVG, PNG 或 PDF 用于生成整个反应的可视化输出。如需导出化学文件，请使用 RXN、RDF、Reaction SMILES、RInChI 或 CML。

隐私与许可

AtomLens 是一款以本地优先为理念的桌面软件。

解析、查看、浏览、导出和提取均在您的 Mac 上本地进行。
PDF 文本提取、AI 辅助的化学名称和结构图识别、AI 辅助的名称生成、确定性结构验证以及结构缩略图生成均在本地进行。选定的 PDF 文件和提取的文本不会被上传。
正常使用无需注册或登录。
Spotlight 和 Quick Look 会维护本地的 macOS 索引和预览缓存。
导出和提取生成的数据仅会写入您明确指定的目标位置。

组件	在 AtomLens 中的角色	许可协议
CDKSwiftNativePort	语法分析、描绘、标识符生成、反应支持以及化学性质计算。	LGPL-2.1-或更高版本
OPSINSwift	将支持的IUPAC名称在设备端转换为可渲染的化学输入。	麻省理工学院
SMSDProSwift	用于仓库子结构搜索和评分的原生图匹配。	Apache-2.0
IUPAC InChI	InChI 和 InChIKey 系列，通过 CDKSwiftNativePort 进行销售。	麻省理工学院
ChemDataExtractor2	嵌入式化学名称识别的参考实现与模型管道。	麻省理工学院
SciBERT	用于嵌入式、微调化学名称识别器的基础语言模型。	Apache-2.0
AtomLens 离线 IUPAC 名称模型	针对可独立识别的图纸，设备端系统名称候选方案。	SureChEMBL 训练数据：CC0 1.0
欧盟委员会基础人工智能图标	“扫描文档帮助”中用于标示机器学习/人工智能辅助步骤的视觉标记。	可自由使用；无需署名

关于第三方软件的说明。 AtomLens 使用并动态链接了 CDKSwiftNativePort 1.4.26，该软件根据 LGPL-2.1 或更高版本许可协议发布。完整的 LGPL-2.1 许可协议全文和 CDKSwiftNativePort 通知包含在 AtomLens 中。确切对应的源代码由 immutable 1.4.26 版本发布及其源代码存档.

OPSINSwift 源代码和许可声明（捆绑版）

关于文档化学模型的通知：模型与来源说明, ChemDataExtractor2 MIT 许可协议, SciBERT Apache 2.0 许可协议，该 DECIMER 图像分割数据源、模型及署名声明，以及关于离线IUPAC名称模型数据及来源的说明.

扫描工作流图中使用的基本 AI 图标来自欧盟委员会人工智能图标集. 委员会声明，这些图标可自由使用且无需注明出处；尽管如此，AtomLens仍在此记录来源，以确保透明度。

3D 调色板授权与署名详情： 3D 配色方案与许可

AtomLens 3.1 · 网站指南已于 2026-10-18 更新。