Parcourir les fichiers locaux
« Local Molecule Files » est le moyen le plus rapide de faire des recherches dans de grandes bibliothèques chimiques locales sans avoir à ouvrir les fichiers un par un dans le Finder.
Le navigateur Local Molecule Files s'ouvre avec des commandes de recherche, d'affichage des réactions uniquement, d'étiquette Finder, de tri et de réorganisation. Les résultats s'affichent sous forme de fiches dans la grille centrale, et la barre d'actions en bas propose les actions suivantes : modification de l'étiquette, partage, aperçu rapide, affichage dans le Finder, transfert vers le référentiel géré et ouverture des éléments sélectionnés. Fais un clic droit sur une fiche pour accéder aux mêmes actions depuis son menu contextuel.
Rechercher et filtrer
Tape ton texte dans le champ de recherche et appuie sur Return ou clique sur Search pour effectuer une recherche par nom de fichier et par métadonnées chimiques indexées. AtomLens utilise les clés chimiques Spotlight quand elles sont disponibles et se rabat sur les noms de fichiers chimiques pris en charge lorsque les métadonnées plus détaillées manquent ou ne sont pas encore à jour.
- L'option « Afficher uniquement les réactions » limite l'affichage aux fichiers de réactions indexés.
- Les boutons « Finder-label » de la barre de filtrage permettent de restreindre les résultats aux combinaisons d'étiquettes correspondantes.
- Les commandes de tri te permettent de trier par date de modification, date de création, poids moléculaire ou LogP, par ordre croissant ou décroissant.
Messages d'état
La barre d'état en bas de l'écran indique l'opération en cours dans le navigateur. Une icône tournante signifie que AtomLens est toujours en train de travailler ; une barre de progression bleue apparaît lorsque l'opération en cours a atteint un certain stade, comme l'analyse du référentiel géré, la reconstruction de l'index textuel, la validation de l'index des molécules en arrière-plan ou la suppression d'un référentiel. Les exemples ci-dessous utilisent des exemples de nombres d'échantillons et de termes de recherche ; les chiffres et les libellés affichés dans ton navigateur correspondent à la recherche en cours.
Recherche dans les fichiers locaux
| Exemple de message | Ce que ça veut dire |
|---|---|
Collecting molecule file references (1,240)...Collecting reaction file references for "Aspirin" (42)... | AtomLens récupère les références aux fichiers locaux à partir de Spotlight. |
Indexed chemistry metadata looks incomplete (12). Falling back to supported filenames... | Spotlight n'a renvoyé que très peu de résultats pour les métadonnées chimiques ; AtomLens lance donc une recherche de secours basée sur les noms de fichiers pour les formats chimiques pris en charge. |
Collecting supported chemistry file references (320)...Collecting supported reaction file references for "Aspirin" (18)... | AtomLens recense les noms de fichiers pris en charge, car les métadonnées complètes de Spotlight Chemistry sont incomplètes. |
Found 1,240 molecule files. Loading metadata...Found 320 supported chemistry files. Loading metadata... | La collecte des références est terminée et AtomLens s'apprête à charger les métadonnées de la carte. |
Loading molecule metadata (350/1,240)... | AtomLens enrichit les fiches de résultats avec des métadonnées chimiques, des dates, des étiquettes et des valeurs prêtes à être prévisualisées. |
Showing cached results. Refreshing metadata (350/1,240)... | Un cache de démarrage à chaud est visible pendant que AtomLens actualise le même ensemble de résultats « Fichiers locaux » en arrière-plan. |
Loaded 1,240 molecule files.Loaded 42 reaction files. | La recherche dans les fichiers locaux est terminée. |
Local Files search could not start.Local Files search could not start filename fallback. | Impossible de lancer la requête Spotlight ou la requête de secours. |
Recherche dans le référentiel géré
| Exemple de message | Ce que ça veut dire |
|---|---|
Scanning Managed Repository files...Scanning Managed Repository files (40,750/66,315, 61%)... | AtomLens est en train de lire les références du référentiel, d'appliquer les filtres du référentiel et de préparer l'ensemble de résultats. Quand les chiffres sont disponibles, la barre de progression affiche la même proportion. |
Updating Managed Repository text index...Updating Managed Repository text index (40,750/66,315, 61%)... | AtomLens met à jour l'index de texte local en arrière-plan. Les recherches utilisent les enregistrements déjà indexés, et les résultats sont mis à jour au fur et à mesure que de nouveaux enregistrements deviennent disponibles. Seuls les enregistrements modifiés doivent être réindexés. |
Search results may be incomplete while the text index updates.Text index update paused or incomplete. Search results may be incomplete. | Certains enregistrements ne sont pas encore consultables. Utilise l'icône « Pause » ou « Reprendre » à côté du texte d'état pour gérer l'indexation. Les résultats validés restent consultables, et la reprise s'effectue à partir de la progression enregistrée. L'index textuel est stocké localement sur chaque appareil, et non dans iCloud. |
Loading repository metadata (350/1,240)... | Les références au référentiel correspondantes sont en train d'être converties en fiches visibles dans le navigateur. |
Showing cached repository results. Refreshing metadata (350/1,240)... | Une vue par défaut du référentiel géré, mise en cache, s'affiche pendant que AtomLens actualise les métadonnées correspondant à l'état actuel du référentiel. |
Loaded 1,240 Managed Repository files.Loaded 42 Managed Repository reaction files.Loaded 12 Managed Repository Markush structures. | La recherche active dans le référentiel géré est terminée. |
Activité du référentiel en arrière-plan
| Exemple de message | Ce que ça veut dire |
|---|---|
Checking Managed Repository changes... | L'observateur du référentiel vérifie si des modifications ont été apportées aux racines de contenu et de métadonnées, y compris les racines gérées par iCloud lorsque la synchronisation est activée. |
Validating molecule search index... | AtomLens est en train de vérifier ou de reconstruire l'index de recherche de molécules utilisé pour la recherche chimique dans le référentiel. |
Validating molecule search index (35%, scanning 23,000/66,315)...Validating molecule search index (72%, indexing 8,000/12,000)... | La phase de validation comporte un certain nombre d'éléments. |
Validating molecule search index (92%, writing cache)...Validating molecule search index (96%, updating cache)... | La phase de validation comporte un pourcentage, mais pas de nombre d'éléments. |
Uploading Managed Repository changes to iCloud...Downloading Managed Repository changes from iCloud... | Le moniteur d'activité de synchronisation macOS iCloud signale les opérations de téléchargement ou de chargement vers le référentiel. |
Autres résultats de la barre d'état
Preparing to delete 12 Managed Repository entries...,Deleting Managed Repository entries..., etDeleting Managed Repository entries (8/12)...apparaissent lors d'une suppression « uniquement dans le référentiel ».Showing 500 of 1,240 files (700 loaded).apparaît lorsque la grille affiche un sous-ensemble des résultats correspondants alors que le suivi des entrées chargées est toujours en cours.- Les messages indiquant un résultat vide peuvent ressembler à ça :
No indexed molecule or reaction files found.,No molecule files found.,No reaction files found.,No Markush structures found.,No Managed Repository files found., ouNo matching molecule files found.. - Les résumés des filtres actifs peuvent ressembler à ça :
Active filters: Reactions only | Text: "Aspirin" | Labels: RedouActive filters: Markush structures only. Idlepeut apparaître lorsque le modèle de recherche sous-jacent s'est arrêté et qu'aucun état de résultat de recherche n'est actif.
Fiches de résultats
Les fiches du navigateur affichent bien plus que des vignettes. Une fiche peut inclure un aperçu de la structure, la formule, le chemin d'accès, les dates de création et de modification, le poids moléculaire, le LogP, ainsi qu'une mise en forme adaptée aux étiquettes du Finder.
- La grille reste utile même quand les noms de fichiers ne sont pas cohérents, car AtomLens affiche directement les métadonnées chimiques sur la fiche.
- Les fiches sont mises à jour dès que les métadonnées et les vignettes sont disponibles.
- Si AtomLens n'a pas encore trouvé de fichiers chimiques compatibles, il affiche un message clair indiquant que l'état est vide, au lieu d'une grille vierge sans explication.
Sélection et aperçu
Le navigateur « Local Molecule Files » prend en charge les commandes à la souris et au clavier.
- Un clic pour un fichier,
Command-clique pour sélectionner plusieurs éléments,Shift- clique ici pour voir les gammes, etCommand-Apour sélectionner tous les résultats visibles. - Double-clique sur une carte, puis appuie sur
Return, ou utiliseOpen Selectedpour ouvrir la sélection actuelle. - Presse
Spacepour utiliser la fonction « Aperçu rapide » depuis l'application sans ouvrir le fichier dans une fenêtre de document complète. - Utilisation
Show in Finderlorsqu'un seul fichier est sélectionné, ou le bouton « Partager » pour les destinations de partage standard macOS. - Utilisez « Référentiel géré » > « Copier vers le référentiel géré » pour importer des copies des fichiers locaux sélectionnés dans le stockage géré par AtomLens.
- Utilise « Répertoire géré > Déplacer vers le répertoire géré... » quand tu veux que AtomLens importe les fichiers locaux sélectionnés, puis déplace les originaux dans la corbeille. AtomLens te demande une confirmation explicite avant de déplacer les originaux.
- Le panneau « Fichiers locaux » ne supprime jamais de fichiers au hasard. La suppression n'est disponible que pour les entrées appartenant à AtomLens dans le référentiel géré.
Étiquettes « Spotlight » et « Finder »
Les fichiers de molécules locaux sont étroitement liés aux métadonnées du système macOS.
- Spotlight te permet de rechercher des identifiants et des propriétés chimiques aussi bien en dehors de AtomLens que dans le navigateur.
- Les étiquettes du Finder sont visibles sur les cartes, disponibles sous forme de filtres et modifiables depuis la barre d'outils du bas.
- Les balises Finder existantes sans couleur sont conservées lorsque tu modifies les libellés de AtomLens.
- Les aperçus « Quick Look » fonctionnent dans le Finder et dans le flux du navigateur AtomLens.
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