Termes de chimie

Comprendre les identifiants, les propriétés calculées et les résultats de recherche de structure.

Noms et identifiants

SMILES décrit les atomes et les liaisons sous forme de texte ; la version isomérique SMILES inclut la stéréochimie prise en charge. CXSMILES ajoute des annotations que les formats plus simples ne conservent pas forcément. InChI est un identifiant de structure normalisé, et InChIKey est sa clé compacte. RInChI décrit les réactions.

Un nom IUPAC décrit une structure chimique. Un nom correctement analysé ou généré n'est pas forcément le nom IUPAC préféré unique. Les identités « Standard » et « Fixed-H InChI » reflètent des détails différents concernant l'hydrogène et les tautomères ; la vérification du nom par analyse exige que les deux concordent.

Propriétés calculées

La formule permet de compter les éléments. Le poids moléculaire, la masse molaire et la masse monoisotopique s'appuient sur différentes conventions de mesure de la masse. Le LogP estime la répartition, le TPSA correspond à la surface polaire topologique, et le nombre de donneurs/accepteurs de liaisons hydrogène décrit les sites de liaison possibles.

Les liaisons rotatives et le nombre d'anneaux permettent de résumer la topologie. La « règle de cinq » est une méthode heuristique de sélection, et non une prédiction de la sécurité, de l'efficacité ou de l'adéquation à l'usage. Les valeurs dépendent de la structure analysée et de la méthode de calcul.

Résultats de recherche sur les produits chimiques

La similarité classe les empreintes moléculaires selon un score de Tanimoto compris entre 0 et 1. Un score élevé ne prouve pas que la molécule recherchée figure parmi les résultats. Les zones surlignées en violet indiquent les régions communes identifiées dans un délai court ; il se peut qu'il existe une région commune plus étendue. Les résultats non surlignés conservent leur score et leur classement.

La recherche par sous-structure vérifie la présence d'atomes et de liaisons et met en évidence la correspondance en rouge. MCIS / Target compare les atomes communs à la taille cible ; les correspondances les plus précises sont généralement mieux classées. Ces recherches s'appliquent aux molécules du référentiel, pas aux réactions dans leur ensemble.