Navigation et fichiers
Utilisez le référentiel géré, l'intégration des fichiers et les balises pour retrouver rapidement les formules chimiques enregistrées.
Ce que recherche Managed Repository
« Managed Repository » est l'espace de travail principal de iPad dédié aux données chimiques de AtomLens. Son bouton « Rechercher » permet d'effectuer une recherche plein texte indexée parmi les noms enregistrés, les formules, les identifiants, les textes chimiques, les balises et les noms de fichiers sources. Il n'effectue pas de recherche de type Spotlight, comme sur un ordinateur de bureau, sur l'ensemble de l'appareil.
- Appuie sur Entrée ou sur « Rechercher » pour classer les résultats indexés par pertinence ; si tu effaces la recherche, le tri précédent est rétabli.
- Utilise les filtres « Réactions uniquement », « Markush uniquement », « 3D uniquement » et les filtres par balises pour affiner ta recherche dans la base de données.
- Trie par pertinence, date d'ajout, de modification ou de création, nom, type, masse moléculaire ou LogP.
- Appuie sur « Recherche par structure de requête » pour ouvrir l'éditeur de dessin complet de Ketcher, dessiner ou modifier une requête visuelle, puis choisir « Sous-structure » ou « Similitude ». Tu peux aussi utiliser la molécule actuelle ou un fichier texte importé au format MOL, SDF, SMILES ou CXSMILES comme point de départ dans l'éditeur.
- Le menu de recherche de structures de chaque fiche de molécule permet de trouver des structures similaires en fonction d'un seuil de Tanimoto choisi ou d'utiliser cette molécule comme requête de sous-structure.
Importer depuis PubChem
Appuie sur PubChem dans la barre d'outils de la bibliothèque. Saisis un nom, un synonyme, un identifiant de composé (CID), un identifiant de substance (SID), une formule, SMILES, InChI ou InChIKey, puis appuie sur « Rechercher ». Le système détecte automatiquement les formats de saisie courants ; utilise la fonction « Rechercher » lorsqu'une saisie est ambiguë.
Consulte les fiches de structure et appuie sur « Importer » pour le composé de ton choix. AtomLens utilise le nom « PubChem » comme nom d'affichage dans la bibliothèque et conserve le fichier SDF d'origine ainsi que ses propriétés. « Charger plus de résultats » affiche une autre page. Les importations sont individuelles ; il n'y a pas de sélection multiple ni d'importation groupée. Le texte de la requête correspondant est mis en surbrillance dans les noms, les CID et les formules visibles ; les correspondances dans d'autres synonymes de PubChem peuvent ne pas être visibles.
La recherche envoie ta requête à PubChem via Internet. Les aperçus sont générés localement. Les recherches et les téléchargements partagent une file d'attente de requêtes à cadence régulée et sont mis en pause lorsque PubChem est occupé. La fonction « Annuler » interrompt une requête en attente ; une écriture dans le référentiel qui a déjà commencé se termine en toute sécurité.
Intégration de l'appli « Fichiers »
AtomLens met à disposition sa bibliothèque interne via « Fichiers » en utilisant un domaine « Fournisseur de fichiers ». Cela permet d'intégrer de manière stable les structures enregistrées et les résultats d'extraction dans le flux de travail de iPad.
Activez la synchronisation des fichiers chimiques via iCloud dans « Paramètres > Référentiel géré » sur chaque appareil, avec le même compte Apple. AtomLens synchronise le contenu chimique géré, les balises, les favoris et l’historique d’utilisation via votre espace de stockage privé iCloud.
Si tu désactives la synchronisation iCloud dans les Paramètres, cette version iPad conserve les fonctionnalités « Enregistrer », « Extraire », « Parcourir », « Fichiers », « Aperçu rapide » et « Recherche », qui s'appuient sur le référentiel, et qui restent disponibles via le référentiel géré local.
- Les balises appliquées aux fichiers appartenant à AtomLens apparaissent dans le référentiel géré.
- Tu peux rouvrir directement dans l'appli les fichiers appartenant à AtomLens.
Aperçus, partage et attentes
AtomLens prend en charge les aperçus « Quick Look » pour les fichiers de formules chimiques compatibles sur iPad. Les fiches du référentiel géré affichent des miniatures et les métadonnées des formules chimiques dans AtomLens, ce qui permet de les parcourir et de les partager rapidement.
- Utilise l'option « Partager » depuis la fiche d'un référentiel quand tu veux envoyer un fichier enregistré vers une autre appli.
- Depuis le menu « Fichiers », tu peux utiliser la fonction « Aperçu rapide » pour consulter les fichiers appartenant à AtomLens sans avoir à les rouvrir dans l'application.
- La couverture de la recherche système est plus restreinte sur iPad que sur Mac. AtomLens transfère les éléments du « Managed Repository » vers Core Spotlight, mais pas tous les fichiers chimiques présents sur l'appareil.
- Les modifications reçues de iCloud actualisent le référentiel géré et ses intégrations système. La synchronisation initiale d'une bibliothèque volumineuse peut prendre un certain temps ; vérifie l'état du référentiel pendant le processus.
- La synchronisation entre appareils dépend toujours de la transmission de iCloud et du moment où AtomLens ou Files se réveille à nouveau.