स्वरूप और उपकरण

रासायनिक खोज

AtomLens प्रबंधित रिपॉजिटरी में केवल फ़ाइल नाम से ही नहीं बल्कि अन्य मानदंडों के आधार पर भी खोज कर सकता है। यह रासायनिक संरचनाओं की तुलना कर सकता है, जिसका अर्थ है कि यह केवल पाठ के बजाय परमाणुओं और बंधों को देखता है।

रासायनिक खोज शुरू करना

• स्थानीय अणु फ़ाइलों या प्रबंधित रिपॉजिटरी में क्वेरी संरचना द्वारा खोज का उपयोग करें, क्वेरी संरचना ड्रॉ करें और समानता या उपसंरचना चुनें।
• उस चयनित अणु के लिए समान संरचनाएँ या उपसंरचना मिलान खोजने के लिए अणु कार्ड के संदर्भ मेनू का उपयोग करें।
• रासायनिक खोज वर्तमान में प्रबंधित रिपॉजिटरी में अणु रिकॉर्ड्स की खोज करती है। प्रतिक्रिया रिकॉर्ड्स इन अणु-संरचना उपकरणों द्वारा खोजे नहीं जाते।

सादृश्य बनाम उपसंरचना

सादृश्य खोज पूछती है: "कौन से अणु रासायनिक रूप से मेरी क्वेरी से समान दिखते हैं?" AtomLens प्रत्येक अणु को एक संक्षिप्त फिंगरप्रिंट से दर्शाता है और उन फिंगरप्रिंट्स की तुलना टानिमोटो स्कोर से करता है। उच्च स्कोर का अर्थ है कि कई संरचनात्मक विशेषताएँ साझा हैं, लेकिन इसका यह मतलब नहीं कि क्वेरी बिल्कुल परिणाम में मौजूद है।

सबस्ट्रक्चर सर्च पूछता है: "क्या यह अणु अपनी संरचना के सटीक हिस्से के रूप में मेरी क्वेरी को शामिल करता है?" यदि आप बेंजीन रिंग खींचते हैं, तो परिणामों में एक मेल खाने वाली रिंग होनी चाहिए। यदि आप दो जुड़ी हुई रिंग्स खींचते हैं, तो एक अणु जिसमें दो अलग-अलग रिंग्स एकल बंध से जुड़ी हों, वही सबस्ट्रक्चर नहीं है।

समानता खोज कैसे काम करती है

1. AtomLens क्वेरी फिंगरप्रिंट तैयार करता है। खींची गई संरचना या चयनित अणु को पार्स करके उसी वृत्ताकार फिंगरप्रिंट प्रतिनिधित्व में परिवर्तित किया जाता है, जिसका उपयोग मैनेज्ड रिपॉजिटरी इंडेक्स द्वारा किया जाता है।
2. रिपॉजिटरी खोज स्नैपशॉट लोड हो गया है। AtomLens खोज की शुरुआत में प्रत्येक रिपॉजिटरी फ़ाइल को फिर से पार्स करने के बजाय वर्तमान कॉम्पैक्ट खोज स्नैपशॉट का उपयोग करता है, जिसमें प्रत्येक अनुक्रमित अणु का फोल्ड किया गया फिंगरप्रिंट और संग्रहीत संरचना पहचानकर्ता शामिल हैं।
3. असंभव उम्मीदवारों को जल्दी से छोड़ दिया जाता है। फिंगरप्रिंट इंडेक्स उन रिकॉर्ड्स को खारिज कर सकता है जिनके बिट काउंट्स सर्वोत्तम संभावित ओवरलैप के तहत भी अनुरोधित न्यूनतम टैनिमोटो समानता तक नहीं पहुँच सकते।
4. फिंगरप्रिंट टानिमोटो स्कोर उम्मीदवारों को रैंक करते हैं। AtomLens क्रमबद्ध क्वेरी फिंगरप्रिंट बिट्स की तुलना प्रत्येक उम्मीदवार के फिंगरप्रिंट से करता है, न्यूनतम समानता या उससे अधिक समानता वाले परिणामों को रखता है, और उच्च समानता स्कोर को पहले क्रमबद्ध करता है। समान स्कोर स्थिर नाम और पहचानकर्ता क्रम पर वापस आ जाते हैं।
5. बड़ी खोजें सीमित रहती हैं। जब परिणाम सीमा निर्धारित की जाती है, तो प्रत्येक वर्कर केवल अपने सबसे मजबूत स्थानीय परिणामों को रखता है, फिर AtomLens उन आंशिक शीर्ष परिणामों को अंतिम क्रमबद्ध पृष्ठ में मिला देता है। एक असीमित खोज अभी भी न्यूनतम स्कोर पूरा करने वाले सभी रिकॉर्ड लौटा सकती है।
6. साझा क्षेत्रों को हाइलाइट करने के लिए तैयार किया जाता है। AtomLens MCS विश्लेषण को एक संक्षिप्त साझा समय बजट प्रदान करता है, ताकि जटिल संरचनाएँ परिणामों को अनिश्चितकाल तक विलंबित न कर सकें। बैंगनी हाइलाइट उस समय में पाए गए एक साझा क्षेत्र को दिखाता है; एक बड़ा साझा क्षेत्र मौजूद हो सकता है। यह कार्य कभी भी फिंगरप्रिंट स्कोर, रैंकिंग या मिलान की संख्या को नहीं बदलता। जब कोई हाइलाइट नहीं मिलता तब भी परिणाम उपलब्ध रहते हैं।
7. साझा संरचना को हाइलाइट किया गया है। AtomLens MCS लक्ष्य परमाणु सूचकांकों को फिर से लक्ष्य अणु के परमाणु आईडी में परिवर्तित करता है, उन बंधों को हाइलाइट करता है जिनके दोनों छोर उसी परमाणु समूह में हैं, और परिणाम पूर्वावलोकन को बैंगनी MCS हाइलाइट के साथ प्रस्तुत करता है। परिणाम खोलने पर वही बैंगनी हाइलाइट अणु विंडो में भी दिखाई देती है।

समानता परिणामों को पढ़ना

• समानता स्कोर एक फिंगरप्रिंट टानिमोटो मान है। 0.0 के लिए 1.0. उच्च मानों का अर्थ है अधिक साझा फिंगरप्रिंट विशेषताएँ।
• एक उच्च समानता परिणाम में अतिरिक्त परमाणु या साझा कोर के आसपास एक अलग व्यवस्था हो सकती है। लक्ष्य संरचना में साझा भाग देखने के लिए बैंगनी MCS हाइलाइट का उपयोग करें।
• यदि AtomLens किसी विशिष्ट लौटाए गए अणु के लिए MCS ग्राफ़ नहीं बना पाता है, तो परिणाम अभी भी उसके फिंगरप्रिंट स्कोर के साथ दिखाई दे सकता है, लेकिन उस पंक्ति के लिए कोई बैंगनी हाइलाइट नहीं दिखाई जाती।

सबस्ट्रक्चर सर्च कैसे काम करता है

1. AtomLens क्वेरी तैयार करता है। खींची गई संरचना या चयनित अणु को रसायनशास्त्र ग्राफ़ में पार्स किया जाता है। ग्राफ़ बस बंधों द्वारा जुड़े परमाणुओं का एक मानचित्र है।
2. रिपॉजिटरी इंडेक्स लोड हो गया है। AtomLens खोज की शुरुआत में हर पूर्ण अणु फ़ाइल को पढ़ने के बजाय एक कॉम्पैक्ट SQLite/Core Data समर्थित खोज अनुक्रमणिका का उपयोग करता है।
3. त्वरित स्क्रीन स्पष्ट असंगतियों को हटा देती हैं। एक लक्ष्य में पर्याप्त परमाणु और बंध, आवश्यक तत्व, तथा आवश्यक रिंग, अरोमैटिक और स्थानीय बंधन विशेषताएँ होनी चाहिए। ये जाँचें पूर्ण ग्राफ मिलान की तुलना में बहुत सस्ती होती हैं।
4. उम्मीदवारों को रैंक किया जाता है। फास्ट स्क्रीन से गुजरने वाली संरचनाओं को इस तरह क्रमबद्ध किया जाता है कि संभावित रूप से उपयोगी परिणाम पहले जाँचे जाएँ। AtomLens फिंगरप्रिंट ओवरलैप और क्वेरी से परे लक्ष्य में मौजूद अतिरिक्त संरचना की मात्रा का उपयोग करता है।
5. पुन:प्रयोग योग्य अणु ग्राफ़ कैश किए जाते हैं। AtomLens पार्स किए गए अणुओं और SMSD Pro ग्राफ़ हैंडल को मेमोरी में तब तक रखता है जब तक रिपॉजिटरी इंडेक्स जेनरेशन चालू रहता है। आयात, हटाने, पुनःइंडेक्सिंग और iCloud/Core Data मर्ज पुराने कैश किए गए डेटा को अमान्य कर देते हैं।
6. SMSD Pro सटीक ग्राफ़ समावेशन की जाँच करता है। AtomLens उम्मीदवार बैचों को SMSD Pro को भेजता है। डिफ़ॉल्ट मैचर VF2++ ग्राफ़ मिलान का उपयोग करता है, जिसमें पड़ोस फ़िल्टर और बिट-पैरेलल व्यवहार्यता जाँच शामिल हैं। मेटल Apple GPUs पर सुरक्षित स्क्रीनिंग और प्राथमिकता निर्धारण में मदद कर सकता है, लेकिन अंतिम सटीक ग्राफ़ मिलान फिर भी CPU पर चलता है।
7. दृश्य पेज दिखाने से पहले सटीक हिट्स की गिनती पूरी तरह से की जाती है। AtomLens रिपॉजिटरी को स्क्रीन करता है, सटीक उपसंरचना हिट्स को प्रमाणित करता है, और मिलान संख्या पूरी होने तक उम्मीदवारों की जांच करता रहता है। यह सभी सटीक हिट्स को सस्ते सटीक-मिलान डेटा के साथ रैंक करता है, एक छोटे निर्धारणात्मक अग्रिम विंडो के लिए कम-टाइमआउट MCIS मेट्रिक्स की गणना करता है, और फिर समृद्ध परिणामों को फिर से रैंक करता है। बाद के हिट्स सस्ते सटीक-मिलान स्कोर को बनाए रखते हैं।
8. मिलान किए गए परिणाम हाइलाइट किए गए हैं। रैंकिंग करने और अनुरोधित परिणाम सीमा लागू करने के बाद, AtomLens केवल उन पंक्तियों के लिए मिलान किए गए परमाणु और बंध आईडी रिकॉर्ड करता है और डिस्प्ले सामग्री लोड करता है जिन्हें यह लौटाता है। परिणाम पूर्वावलोकन मिलान की गई उपसंरचना को लाल रंग में हाइलाइट करता है, और परिणाम खोलने पर वह लाल हाइलाइट अणु विंडो में भी दिखाई देती है।

उपसंरचना परिणामों को पढ़ना

MCIS/टारगेट कॉलम लक्ष्य अणु के आकार की तुलना में अधिकतम साझा प्रेरित उपग्राफ़ आकार को रिपोर्ट करता है। सरल भाषा में, यह बताता है कि दोनों संरचनाओं के सबसे बड़े सटीक साझा भाग से कितने लक्ष्य परमाणु संबंधित हैं।

• 10/12 इसका मतलब है कि 12 परमाणुओं वाले एक लक्ष्य में 10 परमाणु साझा किए जाते हैं।
• 10/14 10 परमाणु भी साझा करता है, लेकिन लक्ष्य के पास अधिक अतिरिक्त परमाणु होते हैं, इसलिए यह एक व्यापक और आमतौर पर कम सटीक मिलान होता है।
• AtomLens उपसंरचना परिणामों को MCS स्कोर और कवरेज के आधार पर क्रमबद्ध करता है, इसलिए सामान्यतः अधिक सटीक मिलान व्यापक मिलानों से ऊपर दिखाई देते हैं। बहुत व्यापक खोजें पूर्ण-मेट्रिक फ्रंट विंडो के बाहर सस्ते सटीक-मिलान स्कोरिंग का उपयोग कर सकती हैं, जब तक कि उन हिट्स का अनुरोध या परिष्करण न किया जाए।

कुछ खोजें अभी भी समय क्यों लेती हैं

सटीक उपसंरचना मिलान एक ग्राफ़-समरूपता समस्या है। इसका मतलब है कि AtomLens को यह साबित करना होगा कि क्वेरी के परमाणु और बंध प्रत्येक लक्ष्य में मौजूद परमाणुओं और बंधों पर मैप किए जा सकते हैं। फास्ट स्क्रीन्स और मेटल-सहायक स्क्रीनिंग कार्यभार को कम करती हैं, लेकिन कठिन अणु या व्यापक क्वेरीज़ अभी भी CPU-गहन सटीक मिलान की मांग कर सकते हैं।

उपकरण निकालें

AtomLens पहले स्रोत की वैधता जांचता है, गणनाओं की पुष्टि करता है, और फिर प्रगति प्रतिक्रिया के साथ फ़ाइलें या तालिकाएँ लिखता है।

बहु-संरचना SDF को कई फ़ाइलों में विभाजित करें

1. चुनें File > Extract > Split multi-structure SDF into multiple files....
2. दो या अधिक संरचनाओं वाली एक SDF फ़ाइल चुनें।
3. गिनती की पुष्टि करें और प्रबंधित रिपॉजिटरी या गंतव्य फ़ोल्डर चुनें।
4. AtomLens एक रिपॉजिटरी रिकॉर्ड या एक लिखता है .sdf चुनी गई गंतव्य के आधार पर, प्रत्येक संरचना के लिए एक फ़ाइल।

मल्टी-स्ट्रक्चर SDF गुणों को CSV में निकालें

1. चुनें File > Extract > Extract multi-structure SDF attributes into CSV table....
2. एक बहु-संरचना SDF फ़ाइल चुनें।
3. पार्स किए जा सकने वाले संरचनाओं की संख्या की पुष्टि करें और गंतव्य चुनें। .csv फ़ाइल।
4. AtomLens सभी खोजे गए SDF फ़ील्ड्स के साथ एक उद्धृत CSV तालिका लिखता है।

जब किसी संरचना में एक फ़ील्ड के लिए कई मान होते हैं, AtomLens उन्हें के साथ जोड़ता है। |अमान्य रिकॉर्डों को छोड़ दिया जाता है और अंत में उनकी रिपोर्ट की जाती है।

बहु-प्रतिक्रिया SMILES को कई फ़ाइलों में विभाजित करें

1. चुनें File > Extract > Split multi-reaction SMILES into multiple files....
2. एक बहु-पंक्ति प्रतिक्रिया SMILES स्रोत फ़ाइल चुनें।
3. वैध प्रतिक्रियाओं की संख्या की पुष्टि करें और एक गंतव्य फ़ोल्डर चुनें।
4. AtomLens एक लिखता है .rsmi प्रत्येक मान्य प्रतिक्रिया के लिए फ़ाइल।

बहु-प्रतिक्रिया SMILES को RXN फ़ाइलों में विभाजित करें

1. चुनें File > Extract > Split multi-reaction SMILES into multiple RXN files....
2. एक बहु-पंक्ति प्रतिक्रिया SMILES स्रोत फ़ाइल चुनें।
3. गिनती की पुष्टि करें, गंतव्य फ़ोल्डर चुनें, और एक्सट्रैक्शन शुरू करें।
4. AtomLens प्रत्येक मान्य प्रतिक्रिया प्रविष्टि को एक व्यक्तिगत में परिवर्तित करता है। .rxn फ़ाइल।

macOS पर, बहु-संरचना SDF वर्कफ़्लो Managed Repository में संरचनाएँ आयात कर सकता है या एक फ़ोल्डर में व्यक्तिगत फ़ाइलें लिख सकता है। CSV और प्रतिक्रिया निष्कर्षण वर्कफ़्लो आपके द्वारा चुने गए गंतव्य पर लिखते हैं।

प्रतिक्रिया समर्थन

AtomLens प्रतिक्रिया फ़ाइलों को सीधे खोलता है, जिसमें शामिल हैं .rsmi, .rinchi, .rxn, .rdf, और प्रतिक्रिया-वाहक .cml.

• प्रतिक्रिया चित्रों में अभिकरक, एजेंट, उत्पाद, प्लस चिह्न और तीर लेआउट शामिल होते हैं।
• वे ही पैन, ज़ूम, रोटेट, रीसेट और स्नैपशॉट टूल्स रिएक्शन मोड में काम करते हैं।
• प्रतिक्रिया दस्तावेज़ विभाजित लेआउट का उपयोग करते हैं, जिसमें चित्र ऊपर और प्रतिभागी सूची नीचे होती है।
• यदि एटम-मैप संख्याएँ उपलब्ध हैं, तो मानचित्र-आधारित दृश्य नियंत्रण स्वचालित रूप से सक्षम हो जाते हैं।
• रिएक्शन सामग्री का समर्थन क्विक लुक और स्पॉटलाइट मेटाडेटा में भी किया जाता है।

उन्नत संकेतन

AtomLens आधुनिक CXSMILES सुविधाओं और संबंधित उन्नत एनोटेशन का समर्थन करना जारी रखता है।

• मार्कुश और आर-समूह परिभाषाएँ मुख्य ढांचे के रूप में और एक स्पष्ट रूप से अलग किए गए लेजेंड बॉक्स के रूप में प्रस्तुत होती हैं।
• जब मौजूद हों, तो रिपीट-यूनिट और लिंक-नोड संकेतन दर्शाया जाता है।
• आयातित हाइलाइट्स, समर्थित क्वेरी एटम्स, क्वेरी बॉन्ड्स और संबंधित एनोटेशन जहाँ संभव हो संरक्षित किए जाते हैं।
• हर उन्नत स्रोत फ़ीचर हर निर्यात प्रारूप में मैप नहीं होता। उदाहरण के लिए, एक्सपोर्ट मानक SMILES लिखता है, CXSMILES टेक्स्ट नहीं।

समर्थित इनपुट प्रारूप

.mol और .sdf इनपुट V2000 या V3000 सिंटैक्स का उपयोग कर सकता है, और मानक SMILES टेक्स्ट फ़ाइलों में अभी भी CXSMILES एक्सटेंशन हो सकते हैं। समर्पित दस्तावेज़ स्रोत संपादक समर्थित IUPAC नामों को लागू और रेंडर करने से पहले संरचना स्रोत में भी परिवर्तित कर सकता है।

समर्थित निर्यात प्रारूप

उपयोग करें File > Export... वर्तमान अणु या प्रतिक्रिया संदर्भ को रसायन फ़ाइलों के रूप में निर्यात करने के लिए उपयोग करें। File > Share वर्तमान अणु या संपूर्ण अभिक्रिया के SVG, PNG, या PDF निरूपणों के लिए।

iPad पर, मोलिक्यूल या रिएक्शन विंडो के शेयर बटन का उपयोग करें, ChemDraw CDX या ChemDraw CDXML चुनें, फिर फ़ाइलों में सहेजें।

राउंडट्रिप समर्थन

AtomLens का उद्देश्य समर्थित स्रोत प्रारूपों के महत्वपूर्ण रासायनिक अर्थ को तब संरक्षित रखना है जब आप उन्हें फिर से निरीक्षण और निर्यात करते हैं।

• MDL V2000/V3000 और SDF पहले के AtomLens संस्करणों की तुलना में अधिक निर्देशांक, स्टीरियोकैमिस्ट्री, S-समूह, हाइलाइट्स, क्वेरी फ़ीचर्स और संबंधित एनोटेशन बनाए रखते हैं।
• RGfile समर्थन R-समूह उन्मुख संरचनाओं का वहन करता है जब स्रोत और निर्यात लक्ष्य उस जानकारी का प्रतिनिधित्व कर सकते हैं।
• CML समर्थन आधुनिक अणुओं और प्रतिक्रिया-युक्त सामग्री दोनों के लिए अधिक मजबूत है।
• CXSMILES पार्सिंग और डिस्प्ले मार्कुश, रिपीट/लिंक-नोड, हाइलाइट और संबंधित परतों के लिए अधिक शक्तिशाली है।

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